חקירת כחלון התנהלה מתוקף תפקידו כיו"ר דירקטוריון פעיל. הניסיונות לשכנע את החוקרים שלא לחקור אותו באזהרה, אלא רק להסתפק במתן עדות, עלו בתוהו. אף על פי שחקירתו של שר האוצר לשעבר הסתיימה, יש כעת מו"מ בין הצדדים אם יוטלו עליו הגבלות מסוימות. בחקירתו טען כחלון כי החשדות נגד יונט והדירקטורים נעשו לפני כניסתו לתפקיד יו"ר הדירקטוריון של החברה בחודש מאי האחרון, כך שלא הייתה לו מודעות לעניין החשדות.
לפי החשדות, המעורבים פעלו תוך הסתרת פעילותם מהחברה ומציבור המשקיעים, וגרמו להצגת פרטים מטעים בדיווחי החברה. החשדות כלפי כחלון מתמקדים בנושאי הטעיות בדיווח ולשאלה האם בתפקידו כיו"ר הדירקטוריון דאג לבדיקת אמינות הדיווחים.
כחלון עצמו, בתפקידו כשר האוצר, מינה את ענת גואטה לפני ארבע וחצי שנים לתפקיד יו"ר רשות ני"ע. גואטה, שצפויה לסיים את תפקידה בעוד כחצי שנה, נאלצת לנהל כיום את החקירה כנגד מי שמינה אותה. בעקבות החקירות הוחלט במשרדי רואי החשבון E&Y, שהיו האחראים לביקורת הספרים בחברה, למשוך את ידם מאישור הדוחות. סביר שגם הם יוזמנו בקרוב למשרדי הרשות.
בעקבות ההסתבכות, החליטה הנהלת הבורסה לעצור את המסחר במניית יונט ולמחוק אותם מהמדדים. שלמה אייזיק, בעל השליטה המיוצג על ידי עו"ד ערן שחם־שביט, מכחיש את כל החשדות נגדו וממשיך להאמין ביונט.
כחלון שכר את שירותיו של עו"ד נתי שמחוני (שמייצג בימים אלה גם את הקבלן יגאל דמרי בחקירה שמנהלת נגדו רשות התחרות). עו"ד שמחוני מסר ל"מעריב": "כחלון מברך על החקירה, ומשתף פעולה עם גורמי האכיפה באופן מלא. אנו סמוכים ובטוחים שבסיומה המסקנה היחידה תהא שלא דבק כל רבב ביושרתו. אף לא אחד יכול לחלוק על יושרו וטוהר דרכו".