בתיעוד שהופץ הערב (שני) מהשעות הראשונות של כניסת הכוחות לפנות בוקר, ניתן לראות את הלוחמים נתקלים במחבלים, ומשיבים לעברם באש. בתוך כך, לפני זמן קצר כוחות צה"ל נכנסו לקומה התחתונה במסגד בו התבצרו חמושים ואיתרו שני בורות תת קרקעיים ובהם אמצעי לחימה רבים. במסגד שמזוהה עם ארגוני הטרור, התפתחו במהלך השעות האחרונות חילופי אש רבים בין הכוחות למחבלים. הכוחות שהגיעו למקום בהכוונה מודיעינית של השב"כ, סרקו את הקומה התחתונה במקום, בטרם איתרו את בורות האמל"ח התת קרקעיים, ובהם חומרי נפץ ואמצעי לחימה.
מוקדם יותר, טען משרד הבריאות הפלסטיני כי שמונה נהרגו בתקיפה וקרוב ל-30 נפצעו, בהם 7 במצב קשה. עם זאת, על פי ההערכות בצה"ל, מניין ההרוגים עומד על כ-10, כאשר מעריכים שרובם נהרגו כתוצאה מהתקיפות האוויריות. לוחם פונה לטיפול רפואי בבית חולים ומשפחתו עודכנה. מלבדו, אין נפגעים לכוחותינו. עוד הוסיפו בצה"ל כי ישנם 20 עצורים שנלקחו מג'נין להמשך חקירה בישראל ו-70 מתושאלים נוספים בשטח.
התרעות פיקוד העורף