לאחר מספר שעות של חילופי אש במקום, חוליית המחבלים אותה כיתרון כוחות צה"ל הסגירה עצמה. האירוע החל בירי מדויק לעבר הכוחות, וכאמור לא היו נפגעים. הכוחות הגיבו בירי טיל לאו. הפלסטינים דיווחו על פצוע בפלג גוף עליון, אשר פונה לבית חולים רפידיה.
כוחות הביטחון ביצעו מעצר של שני חשודים בביצוע פיגוע הירי אל עבר כוחות הביטחון ביישוב שבי שומרון שבמרחב החטיבה המרחבית שומרון ביום שישי האחרון. מידע של השב"כ הוביל את לוחמי הצנחנים והימ"מ לפעילות במבנה בו התבצרו שני מבוקשים בפעילות טרור. הלוחמים ירו טילי נ"ט אל המבנה בו התבצרו שני המבוקשים.
בנוסף התפתחו הפרות סדר אלימות ברחבי הכפר במספר מוקדים ואף נשמעו קולות ירי במרחב. שני המבוקשים, נביל צואלחי ונהאד עוויס אשר חשודים כמי שביצעו את פיגוע הירי בשבי שומרון ביום שישי האחרון הועברו לחקירת שב"כ.
הכוחות כיתרו בית שבו שהו המחבלים, ומנהלים סיר לחץ מול המחבלים על מנת להביא למעצרם. יש לציין, כי האירוע בשכם אינו קשור לפיגוע שהתרחש במהלך הלילה בקבר יוסף.
מדובר צה"ל נמסר בתגובה לאירועים: "כוחות הביטחון פועלים כעת בעיר שכם. במקום חילופי אש בין חמושים לבין הכוחות, פרטים נוספים בהמשך".