מדובר בפעולה קרקעית שארכה כשלוש שעות, במסגרתה פוצצו הלוחמים את המעבדה מבחוץ באמצעות מטענים וטילי נ"ט. בעקבות הפיצוץ הגיעו למקום צעירים פלסטינים שהתעמתו עם הכוחות, אך לא הצליחו לשבש את הפעילות. במהלך המבצע גם התפוצצו מטענים שאוחסנו במקום.
בצה"ל מציינים כי יחידת 8,200 ושב"כ הם אלה שהביאו את המידע האיכותי שאפשר את ביצוע הפעולה, כאשר כוחות של חטיבת שומרון וגבעתי אבטחו את הלוחמים של ימ"מ מבחוץ. בצה"ל כעת נערכים לתגובה אפשרית מצד הארגון, שמנוהל על ידי כ-20 פלסטינים, ומתכוונים להמשיך להפעיל לחץ משמעותי עליו.
היעד שהציבו בצה"ל הוא למנוע משכם להפוך לג'נין. כמו כן, בצה"ל מקווים שברשות הפלסטינית יעשו יותר משנעשה עד כה מול הארגון, ומציינים כי הועבר עדכון לרמאללה לאחר כניסת הכוחות.
ראש הממשלה לפיד: "אזרחי ישראל ישנים טוב בלילה כשאתם והכוחות נמצאים בשטח"
בתוך כך, ראש הממשלה יאיר לפיד שוחח לפני זמן קצר עם המפקדים מצה"ל, שב"כ וימ"מ, שפעלו הלילה בשכם. רה"מ העמיק איתם בפרטי התחקיר הראשוני אל מול תוכניות המבצע כפי שהוצגו לו בימים האחרונים. לפיד ברך את המפקדים והודה להם על הפעילות המבצעית המשולבת ושיתוף הפעולה בין הארגונים והדגיש כי נדרש להישאר דרוכים לכל אירוע.
במהלך השיחה אמר לפיד: "לא נהסס לפעול מול הטרור בכל מועד ומקום. אזרחי ישראל ישנים טוב בלילה כשאתם והכוחות נמצאים בשטח. שמרו על אנשיכם והמשיכו במשימת ההגנה על המדינה".
התרעות פיקוד העורף