עם זאת, טען יצחקי כי יש לאפשר עלייה להר הבית, והוסיף: "ההחלטות בעניין צריכות להיות על בסיס מודיעין. באותן שנים של עליית שרון להר הבית ערפאת ניסה להצית אש, מעמדה של הרשות היה חלש מאוד, הוא ניסה להשיג כסף. זה לא המצב היום. לכן, הערכות וההחלטות שצריכות להיות על ידי כל גורמי הביטחון, המודיעין צריך להגיע להחלטות ברמה הגבוהה ביותר, אני מניח שכך גם היה הפעם. לכן ביצעו את זה באופן הזה וזה נגמר כמו שצריך. לדעתי שר בממשלת ישראל, לא משנה ימני או שמאלי, צריך לעלות להר הבית".
"הרגישות של מצעד הדגלים היא הרבה יותר נמוכה מאשר עימות בהר הבית. אירוע קטלני של הרג של פלסטינים בהר הבית הופך להיות אירוע בקנה מידה בינלאומי. צעדה ברחובות ירושלים פחות רגישה. הרגישות לדברים האלה היא גם בעיתוי הנכון. על כל מהלך שמאושר על ידי המשטרה זה חייב להיות מגובה במודיעין ובמקרים מסוימים ברמת הממשלה וראש הממשלה", הוסיף.
על כך שמהדיווחים אתמול בנושא היה נראה כי בן גביר דוחה את עלייתו להר, מה שלא לבסוף, הסביר: "אני לא יודע אם זה לא היה תרגיל שהוחלט לעשות את זה באופן הזה, גם הונאה היא כלי עבודה במציאות שבה אנחנו נמצאים. כשיש דבר כזה ורגישות כזו חייבים גורמי המודיעין להתייעץ ולומר את דעתם, אחרי זה הדרג המדיני צריך לחוות את דעתו".