בהתייחס למעצרים המנהליים כלפי פעילי טרור יהודים, אמר איזנקוט: "זה כלי שהשתמשנו ומשתמשים כלפי מאות פלסטינים. זה עולה לכותרות רק כשעוצרים כמה טרוריסטים יהודים. אותם אנשים שנמצאים היום בשלטון ומעודדים לרוץ לגבעות הם אלה שעודדו את הצעירים לעשות פעולות כמו רצח תינוק בן שנה וחצי".