מתחקיר ראשוני עולה כי בשעות הבוקר פעל כוח של פלוגת ההכשרה של סיירת גבעתי יחד עם כוח של חטיבת הנח"ל בשכונת שבורה בלב העיר רפיח. הכוח פעל ברחוב הראשי ליד השוק של השכונה. בשלב מסוים סמוך לשעה 13:00 בצהריים נכנס הכוח בפיקודו של מפקד הפלוגה למבנה בן שלוש קומות.
בכניסה לבית השליכו הלוחמים ״מטעני הרעדה״. מדובר במטעני נפץ אשר אמורים להרעיד את חלל המבנה ולהפעיל מלכודי נפץ שהיו במבנה. מיד לאחר הפיצוצים החלה הכניסה למבנה. חוליית החוד של הכוח: מפקד הפלוגה, הקשר ולוחם הספיקו להיכנס למבנה. מיד אחריהם גם חייל בדרגת סמל שמשמש כמ״מ מפקד הצוות וחייל נוסף היו במבואת הכניסה. יתר הכוח הצטרף בהמשך ואז ארע פיצוץ עז. חלק מהבית קרס, שלושה לוחמים נלכדו תחת ההריסות, הסמל והלוחם נהרגו במבואה אך לא נלכדו תחת ההריסות וכך עוד שישה לוחמים.
לאחר מכן התחיל מבצע חילוץ הנפגעים. כוחות גדולים של אוגדה 162 הקיפו את המבנה ומסוקי קרב של חיל האוויר ביצעו מטריה אווירית על הכוחות הלכודים והמחלצים. הנפגעים שלא נלכדו בין ההריסות טופלו מיד. מסוקי 669 נחתו בלב רפיח סמוך לציר פילדלפי. שישה פצועים, ארבע מהם באורח קשה ושניים במצב בינוני טופלו ופונו על ידי המסוקים לבתי החולים במרכז הארץ.
חילוץ שלושת הלכודים התבצע כאשר לשטח הוכנסו לוחמי חילוץ של 669, כוח של יחידת החילוץ של פיקוד העורף וכן צוות של לוחמי אש. עבודות החילוץ נמשכו זמן לא קצר. מההריסות חולץ פצוע אנוש. בזכות טיפול של צוותי הרפואה של צה״ל בשטח יוצב מצבו והוא הועבר במסוק במצב קשה לבית החולים.
מבין ההריסות הוציאו אנשי פיקוד העורף והכבאים את מפקד הפלוגה והקשר שלו כשהם ללא רוח חיים. צוותים של יחידת ״יהלום״ של חיל ההנדסה סרקו את המבנה וגילו פיר מנהרה באחד החדרים עם מערכת מדרגות לתוך המנהרה. בצה״ל מעריכים כי אחד המטענים שהיה אמור להתפוצץ בעת השלכת ״מטעני ההרעדה״ שהשליך הכוח לא התפוצץ. עכשיו בודקים בצה״ל מה הפעיל את מטען הנפץ הקטלני.
התרעות פיקוד העורף