כוח 100 המקורי הוקם בסוף שנות 90 בכלא הצבאי מגידו ביוזמה מקומית של מפקד הכלא. מדובר היה בקבוצת חיילי משטרה צבאית אשר היו כוח תגובה למקרים של התפרעות אסירים בכלא. לאחר שהועברה האחריות של בתי הכלא הביטחוניים מצה״ל לידי השב״ס כוח 100, כמו יתר המערכים הצבאיים שהיו בכלא מגידו, פורקו.
התרעות פיקוד העורף