המרכזית בהם היא זהות המחבל. במערכת הביטחון עדיין לא הצליחו לזהות את המחבל, בין היתר בשל מצב הגופה, לאחר שהוא ספג בחילופי הירי פגיעה קשה בפניו אשר השחיתה את פרצופו. במקביל לא נמצאה תעודה מזהה על גופו וטרם קיבל ארגון כלשהו אחריות למעשה.
שאלה נוספת היא מדוע גדוד המילואים לא שיגר כח שכולל גשש למקום כדי לבצע את "פתיחת הציר" של המוצב וכן של המחסום, אלא שני הלוחמים שנפגעו תחילה יצאו מהפשפש של המתחם כדי לבצע את ״פתיחת הציר״. הנהלים במקרה זה ברורים בגזרות השונות בצה״ל. עוד עולה שאלה מדוע הכח שמונה-תשעה לוחמים בתוך המוצב לא הצליחו למנוע את כניסת המחבל למתחם, ומדוע לא סיים את ההיתקלות בשלבים הראשונים.
מהבדיקה הראשונית עולה כי בשלב מסוים המחבל אף נטל את כלי הנשק של אחד הנפגעים והמשיך בלחימה מול הכוחות שהיו במוצב וכן הכוחות שהגיעו לתגבר. שאלה נוספת שבוחנים בצה״ל היא כמה זמן היו הלוחמים במוצב המחלקתי והאם הם הוחלפו במהלך הימים האחרונים במטרה ליצור מתח מבצעי, והאם הלוחמים שבאו שגרה בפעילות שלהם. אחת ההערכות בצה״ל כי המחבל למד את שגרת הלוחמים בעמדה ופעל לאחר שזיהה את נקודות החולשה בהתנהלות הכח הצבאי.
התרעות פיקוד העורף