האסיר הביטחוני הועבר באותו היום ממתחם כליאה "עופר" ל"שדה תימן". הצוות, שהיה אחראי על פעילויות "שוברות שגרה" שמטרתן עריכת חיפושים ביטחוניים על העצורים ובמתחמי הכליאה, הונחה על ידי מפקד המתקן. הוא הנחה אותם לבצע חיפוש על אסירים ביטחוניים, בדגש על העצור שהועבר, אותו הדגיש בפניהם כ"בכיר וחדש בפלוגה".
לאחר שחיפשו אצל שותפו לתא, חיפוש שערך כדקה, הובילו את העצור כשהוא קשור בידיו וברגליו ועיניו מכוסות בפלנלית לאזור החיפוש. המגנים יעצרו עבור החמישה בעת החיפוש "חיץ" באמצעות גופם ובאמצעות מגני הפלסטיק, במבנה דמוי "חצי סהר", כשפניהם אל מתחם הכליאה וגבם לעבר ביצוע החיפוש.
כשעה לאחר המקרה, התלונן על כאבי ראש וקושי בנשימה, וסגל המתחם הבחין בדם רב על מכנסיו. הוא הובהל לבית החולים. הוא עבר מספר ניתוחים כירורגים לאחר מכן, ונזקק לאשפוז וליווי רפואי ממושך - כך לפי כתב האישום.
כאמור, במסגרת החקירה נאספו ראיות רבות. בין היתר נאסף תיעוד רפואי נרחב, ותיעוד ויזואלי אותנטי ממצלמות האבטחה במתקן המעצר. "לוחמי צה״ל ומפקדיו פועלים בהתאם לחוק ולערכי צה״ל, ומקרים חריגים וחשד לפלילים מטופלים בהתאם לחוק", נמסר בהודעת הצבא.
"באשר לאישומים המיוחסים ללוחמים (חבלה חמורה והתעללות) - הצגנו שורה של טיעונים כבדי משקל במהלך השימוע השוללים את האישומים המיוחסים להם, ואין לנו ספק כי בעת שיתבררו העובדות בהליך, גם האישומים שנותרו ירדו מסדר היום".