בשעה 06:29 ארגון הטרור חמאס פתח במכת אש מרצועת עזה לעבר יישובי הנגב המערבי, ובהם גם מרחב נירים והמוצבים הצבאיים במרחב. המחבלים חדרו לשטח מדינת ישראל על גבי מצנחי רחיפה, כלי רכב ובאופן רגלי. תוך דקות ספורות, הגזרה ובה לוחמי הגדוד הגזרתי, היו תחת מתקפה מאורגנת בה הגדוד היה מצוי בנחיתות מספרית משמעותית.
בשעה 06:33 מח"ט דרומית זיהה מחמ"ל החטיבה פרצה עם טרקטור ורכב מול מרחב נירים, והחליט לצאת לשטח אל הכוחות. מספר דקות לאחר מכן, הכריז "אנחנו במלחמה" מספר פעמים ברשת הקשר החטיבתית והנחה על הקפצת כלל הכוחות לחזית, כולל כיתות הכוננות ליישובים, כדי למנוע פשיטה ליישובים. במקביל, כוח בפיקודו של מפקד העתודה, נע לעבר גדר הגבול בשני טנקים ונמ"ר והתפצל מול שלושה מוקדי חדירה, במטרה לחסל את המחבלים שנעו מול קיבוץ נירים. במקביל, מפקד הגזרה הפלוגתית ולבנת הסיור התמקמו מחוץ לקיבוץ נירים וחיסלו מחבלים במספר היתקלויות שונות.
בשעה 07:39 הטנק הגיע לקיבוץ, חיסל מספר חוליות מחבלים ולאחר שביצע סריקות ולא נתקל במחבלים, חזר לכיסופים. מפקד כיתה מגדוד 51 שפיקד על לבנת הסיור נותר המפקד הבכיר בגזרת הפלוגה לאחר שכל הקצינים הבכירים נפצעו או נהרגו. המ"כ חבר לכוח נוסף מהמסייעת שנלחם במרחב הגדר ואז עלה מול החמ"ל הגדודי כדי להבין תמונת מצב ולקבל משימות לאחר שלא זיהה מחבלים נוספים בקיבוץ. בשעה 08:00 החמ"ל שלח את הכוח למרחב המחנה הפלוגתי (מחנה מו"פ) שם קיבל דיווח על לחימה מורכבת.
בשעה 09:00 לערך, מחבלי הנוחב'ה עזבו את הקיבוץ עם חטופים ובקיבוץ נותרו עוד עשרות מחבלים שהגיעו בגלים נוספים. המחבלים שרפו בתים ורכבים וניסו לתקוף אזרחים שהתבצרו בממ"דים. תושבי הקיבוץ התמודדו בגבורה מול עשרות מחבלים והגנו על משפחותיהם בתוך הממ"ד.
בשעה 11:20 רבש"ץ הקיבוץ הכווין מסוק קרב, באמצעות החמ"ל, לעבר הפרצה דרכה חדרו המחבלים. המסק"ר, שלא זיהה בשלב זה מחבלים במרחב הגדר, ביצע ירי לשיבוש על השטחים הפתוחים מחוץ לקיבוץ. כתוצאה מכך מספר מחבלים נסוגו משטח הקיבוץ. החל מהשעה 11:30 אירועי הירי בתוך הקיבוץ פחתו באופן משמעותי.
החל מהשעה 14:00 הכוחות סרקו את בתי הקיבוץ, וריכזו את רוב התושבים במועדון הקיבוץ תחת אבטחה. בהמשך, העבירו את התושבים למרחבים ממוגנים בעקבות התראות "צבע אדום". חילוץ האזרחים נמשך עד לשעות הלילה המאוחרות וטיהור כלל הקיבוץ הסתיים רק בחצות. למחרת, שמונה באוקטובר, במהלך הסריקות בשדות מחוץ לקיבוץ, זוהו וחוסלו כשמונה מחבלים נוספים.
ההגעה המהירה של חפ"ק המח"ט ולחימת כוחות צוות הקרב הפלוגתי במרחב האבטחה של היישוב, הביאו לבלימת הכוח העיקרי של האויב בשעות הראשונות ולצמצום התפשטות ההתקפה של המחבלים. פעולות האזרחים החמושים מביתם, חברי כיתת הכוננות שיצאו להילחם בהמשך וירי המסק"ר במרחב תרמו להאצת נסיגת המחבלים עד השעה 11:30. למרות זאת, האויב הצליח לכבוש את הישוב למשך מספר שעות, במהלכן תושבי הקיבוץ התמודדו בגבורה עם עשרות מחבלים שצרים על דלתות בתיהם כשהם אוחזים בדלת הממ"ד ומגנים על משפחותיהם בתחושת חוסר אונים קשה.
יש לגבש עיצוב תפיסת הגנה הנשענת על מרחב אבטחה גדול, חופש פעולה לפעול בו ופעולות מנע מול כל אויב, הקמת מוצבי צה"ל לפני הישובים לרבות חיזוק ההגנה ויכולות האיסוף והאש במרחב. בנוסף - תכנון מראש של תגבור כוחות בהפתעה על פי חלוקה מוגדרת. חיזוק הגנת הישובים דרך חמ"לי הגמ"ר, הגדלת כיתות הכוננות בישובים והכשרתם, תקשורת אזרחית בין כוחות הצבא לישובים.