מספר רב של מטוסי חיל האוויר לקחו חלק בניסיון החיסול, כאשר המטוסים הטילו עשרות רבות של פצצות במשקל של טון על אחת על המתחם שמתחתיו המנהרה. ״אם הוא לא מת מהפגיעה של הטילים הוא יתקשה לשרוד מהגזים שנוצרו בעקבות הפגיעה״. בצה״ל בחרו את העיתוי המתאים לביצוע התקיפה.
על פי דיווחים בעזה, דווח כי במסגרת התקיפה נעשה שימוש ב-9 פצצות שהוטלו באזור בית החולים וברשת אל-מיאדין בעזה דיווחו כי מספר המחוסלים בתקיפת צה"ל שכוונה לעבר מוחמד סינוואר בבית החולים האירופי בחאן יונס, עבר את ה-20. ברשתות הערביות דיווחו כי ישנם גם כ-70 פצועים. בצה"ל התייחסו לתקיפה ואמרו כי מדובר במחבלים ששהו במתחם פיקוד ושליטה של חמאס, שהוקם בתשתית תת-קרקעית מתחת לבית החולים האירופאי שבחאן יונס. בצה"ל אמרו גם כי טרם התקיפה ובמהלכה ננקטו צעדים על מנת לצמצם את הסיכוי לפגיעה באזרחים, לרבות שימוש בחימוש מדויק ותצפיות מהאוויר.
התרעות פיקוד העורף