בקיבוץ ציינו כי הם הופתעו מהאמירה הקשה והמקוממת, וציינו כי זו פוגעת בזכר הנרצחים ובקהילה כולה. "בבוקר הקשה ביותר בתולדות המדינה חברי כיתות הכוננות והתושבים עמדו בגבורה אל מול עשרות מחבלים שחדרו לשטח הקיבוץ, כך גם הוצג בתחקיר הצה״לי", מסרו. "ייתכן והכוונה בדברי ראש הממשלה הייתה לכך שפקודה קריטית לא הגיעה לצוות כרמל א', מה שייתכן ומנע אסון גדול אף יותר. עם זאת, אין בכך כדי להצדיק או לטשטש את עוצמת האסון שפקד את קהילתנו".
עוד אמרו כי שנה וחצי אחרי, והעובדות צריכות להיאמר: "מדובר באסון הכבד ביותר בתולדות המדינה. ורק ועדת חקירה ממלכתית תוכל לספק את התשובות ולהסביר- מה קרה ואיך. בשם המשפחות והקהילה כולה- אנו דורשים לתקן את הנאמר ולכבד את כבודם וזכרם של גיבורינו היקרים. אנו מזמינים את ראש הממשלה נתניהו להגיע לעין השלושה, להיפגש עם הקהילה ולשמוע את הסיפור של קיבוץ עין השלושה".
לשכת ראש הממשלה פרסמה בתגובה: "ראש הממשלה מצטער על כך שדבריו בעניין קיבוץ עין השלושה לא הובנו כהלכה. ראש הממשלה התכוון לומר שאי-קבלת הדירקטיבה מהמערכת הביטחונית לא לפעול, היא זו שהובילה את אנשי הקיבוץ לפעול. תושבי הקיבוץ וחברי כיתות הכוננות לחמו בגבורה ומנעו את כיבוש הקיבוץ וטבח גדול. לא הייתה כוונה לומר שלא נרצחו כלל תושבים. ראש הממשלה דואב עם ארבע המשפחות שיקיריהן נרצחו בקיבוץ בשבעה באוקטובר, כמו גם עם יתר המשפחות שיקיריהן נרצחו ונפגעו בטבח בכלל היישובים".
עוד צוין כי: "מרכיבי הביטחון בקיבוץ לא התאימו לתרחיש של פשיטת מחבלים כפי שהתממשה. חלק מתשתיות הביטחון בקיבוץ היו תקולות או שלא היו בשימוש כלל במהלך המתקפה". באשר לפינוי הקיבוץ קובע התחקיר: "צה"ל לא עמד במשימת פינוי התושבים על פי הנורמה הנדרשת – פינוי התושבים התבצע ללא תכנית פינוי סדורה, ולא בטווח זמנים סביר".
התרעות פיקוד העורף