לצד שתי ספינות הדבורה הפליגו שתי סירות "מורנה" מהירות של שייטת 13. לאחר שניתי האות על ידי מפקדת ספינת הדבורה, נצמדו שתי ספינות המורנה לירכתיים של הספינה מדלין. לוחמי הקומנדו וכן כמה לוחמות יחידת סנפיר של חיל הים דילגו מהספינות של צה"ל הישר לספינה. כל הנוסעים לא התנגדו ובתוך פחות מחמש דקות המבצע הצבאי הסתיים, ואחד הלוחמים לקח את ההגאים של הספינה.
הלוחמים חילקו לכל אחד מנוסעי הספינה בקבוקי מים כריך פסטרמה ושמיכה כדי להתגבר על הקור של שעת הלילה בלב ים. כל מי שנזקק לבדיקת רופא זכה לה על ידי רופא צבאי שנלווה לכוח הצבאי.
בשל העובדה כי הספינה מפליגה בעזרת מפרשים, ההערכה היא שהיא תיכנס לנמל אשדוד רק בשעות הלילה המוקדמות. אז, יועברו 12 האזרחים הזרים לידי אנשי רשות ההגירה והאוכלוסין של משרד הפנים, והם צפויים להיות מגורשים מישראל למדינות המוצא שלהם. את הספינה שעושה דרכה לאשדוד מקיפים ספינות הדבורה וסירות המורנה.
בצה״ל אומרים כי כל מטרת המשט היה ליצור פרובוקציה בינלאומית. כך למשל מהספינה העבירו שידורים בחיי לאל ג'זירה, וכן הפעילים השתמשו בתדרי הקשר כדי לדווח על הנעשה על הסיפון. בצה"ל אומרים כי בטרם עלו הכוחות על הספינה, הוצע לנוסעים להעביר את הסיוע לידיו כדי שישראל תעביר אותו לעזה. כמו כן הוצע לסירה לצאת משטח המים של ישראל, ורק לאחר שהנוסעים סירבו בוצעה הפשיטה.
התרעות פיקוד העורף