על פי הנחיה של מערכת הביטחון, כל צי המטוסים האזרחי של ארבע חברות התעופה הישראליות הוצא מישראל והוא חונה ברובו בקפריסין, יוון ומדינות נוספות מחשש שייפגע מטילים.
כבר ביום חמישי בערב הונחו מנהלי הביטחון של חברות אל על, ארקיע, ישראייר ואייר חיפה להוציא מיידית את כלל המטוסים שלהם ולהעביר אותם לנמלי תעופה בקפריסין, יוון וארה"ב. ההבנה במערכת הביטחון היא כי איראן תנסה לשגר טילים במטרה לפגוע בצי התעופה הישראלי. השב"כ תגבר את האבטחה יחד עם רשויות הביטחון באותן מדינות שבהן חונים המטוסים הישראליים.
כלל המדענים והמומחים שחוסלו היוו מוקדי ידע מרכזיים בפרויקט הגרעין האיראני, והיו בעלי נסיון מצטבר של עשרות שנים בתחומי הפיתוח של נשק גרעיני. הרבה מהם היו ממשיכיו של פח׳רי זאדה, אב פרויקט הגרעין האיראני.
התרעות פיקוד העורף