בפעילות של חיל הים, ביניהם שייטת 13 ושייטת 3 וכן לוחמות סנפיר, קראו תחילה לעבר המפליגים בבקשה להסתובב. כשהם התנגדו, בוצע "בורדינג" - כך לפי הודעת דובר צה"ל. כך, בתוך שעה מתחילת הפעולה, השיגו כוחות החיל "שליטה מבצעית" - כך לפי דובר צה"ל - על ששת הכלים הגדולים שהובילו את המשט "סומוד". כאמור בסיום הפעולה, הועברו כ-400 מפליגים בבטחה לנמל אשדוד.
מדוברות שב"ס נמסר כי למעלה מ-200 ממשתתפי המשט "סומוד" נקלטו על ידי שירות בתי הסוהר, והועברו תהליך בידוק קפדני. משם יועברו להמשך קליטה בבית הסוהר "קציעות" והליך משפטי של רשות האוכלוסין וההגירה, באולמות שיפוט שנפרסו בבית הסוהר לפני האירועים. "הפעילות נמשכת ותימשך עד לסיום הטיפול בכלל משתתפי המשט", נכתב.
על פי דובר צה"ל, המחבל שימש כנציג המקומי של ארגון הטרור חיזבאללה בכפר כפרא שבדרום לבנון, במסגרת תפקידו שימש כאחראי על הקישור בין ארגון הטרור חיזבאללה, לבין תושבי הכפר בנושאים כלכליים וצבאיים. המחבל פעל להשתלטות על נכסים פרטיים לצרכים צבאיים של הארגון, כגון: השכרת בתים לטובת אחסון אמצעי לחימה ומעקב.
צה"ל הוסיף כי מוקדם יותר היום, צה״ל תקף וחיסל בהובלת אוגדה 210 באמצעות כלי טיס של חיל האוויר, שני מחבלים מארגון הטרור חיזבאללה במרחב כפר רמן שבדרום לבנון. המחבלים שימשו כפעילי הנדסה בארגון ועסקו בשיקום תשתיות הטרור של חיזבאללה, במרחב הכפרי של הר דב ואלח׳יאם. הודגש שפעולותיהם של המחבלים היוו הפרה של ההבנות בין ישראל ללבנון.