במערכת הביטחון מעריכים כי המזכיר הצבאי של ראש הממשלה, האלוף רומן גופמן, לא יוכל להתמנות לראשות המוסד במקום דדי ברנע, וזאת בשל העובדה כי טרם הושלמה הבדיקה בנוגע להתנהלותו בפרשת מעצרו של הנער אורי אלמקייס מאשקלון. אלמקייס, אז נער בן 17, הופעל על ידי גופמן, ששימש אז כמפקד אוגדה 36, וכן על ידי אנשי מודיעין וסייבר במסגרת מבצע להשפעה והפעלת סוכנים נגד גורמי טרור אסלאמי, כולל חיזבאללה, איראן וגורמים ביהודה ושומרון. לאחר שנחשד בפרסום ידיעות סודיות, נעצר אלמקייס במאי 2022 במעצר שווא על ידי השב"כ והמשטרה, עבר חקירות ועינויים, ופרקליטות המדינה הגישה נגדו כתב אישום חמור. רק לאחר כשנה וחצי הצליח אלמקייס להוכיח את חפותו, וגורמי מודיעין בצה"ל התנערו מאחריות. שמו היה תחת איסור פרסום, שהוסר בינואר 2025. דדי ברנע אמור להשלים בקיץ הקרוב חמש שנות כהונה. במוסד מעריכים כי לקראת דיון בנושא תוצגנה המועמדויות לסגן ראש המוסד וכן לראש אגף במוסד. שניהם מועמדים מוכרים לראש הממשלה, והוא מנהל איתם קשרי עבודה הדוקים. לדברי גורם בטחוני, טרם התקיים דיון רשמי בנושא מחליף לראש המוסד. בעבר מונו שני ראשי מוסד מחוץ לארגון - האלוף דני יתום, ששימש כמזכירו הצבאי של ראש הממשלה המנוח יצחק רבין, וראש הממשלה המנוח אריאל שרון, שמינה את האלוף במיל' מאיר דגן לתפקיד. לדברי גורם בטחוני, גופמן מנהל במסגרת תפקידו כמזכיר צבאי קשרי עבודה טובים ומקצועיים עם המוסד.