אלוף ניצן אלון התייצב לשירות מילואים עם פרוץ מתקפת ה-7 באוקטובר, ומונה על-ידי הרמטכ"ל לעמוד בראש מפקדת השבויים והנעדרים. תחת פיקודו פעלה המפקדה להשבת החטופים, בדגש על איסוף ומחקר מודיעין, סיוע למשא ומתן, הובלת והוצאת מבצעים מיוחדים וקיום קשר שוטף עם משפחות החטופים.
במהלך הערב הרמטכ"ל הודה לאלוף על "התייצבותו למשימה הלאומית החשובה להשבת החטופים, על תרומתו הייחודית לצה"ל במהלך המלחמה, על מסירותו ועל תרומתו המכרעת למאמץ לשמירה על חיי החטופים, לשחרורם ולהשבת החללים לקבורה. כל זאת, יחד עם כלל העוסקים במלאכה הרגישה והחשובה במפקדה".
מצה"ל נמסר כי "הרמטכ"ל רואה בהשבת החטופים משימה עליונה וחובה מוסרית, ומבהיר כי כל עוד נותרו ברצועת עזה חטופים חללים - המשימה לא תמה. צה"ל ומערכת הביטחון ימשיכו לפעול בכלל המאמצים להשבת החטופים והחללים".
אלוף במיל' ניצן אלון פנה במכתב למשרתי מפקדת השבויים והנעדרים לקראת סיום שירות המילואים שלו, לאחר יותר משנתיים בתפקיד, וכתב: "היכולת לבנות תמונה אמינה מפאזל של אלפי פרטים, חלקם חסרים ומוסתרים, התאפשר בזכות הכישרון והיכולת המקצועית שלכם, אנשי מודיעין, מבצעים וטכנולוגיה, יחד עם גורמי המעטפת שתמכו ללא לאות. כולכם התגייסתם למשימה הקדושה במסירות אין קץ".
התרעות פיקוד העורף