עם הסתירות בין הגרסאות בנוגע לסיבות ולנסיבות היעלמותו של שוכר, החלה להתקדם השערה על עמדת ישראל מאחורי מבצע חטיפתו על פני אחרות, בהסתמך על נתונים ראשוניים שנחשפו בחקירות המתנהלות.
באשר לאדם השני שמוצאו מלבנון, המקור מעריך כי הוא "השתתף במבצע ההטעיה, ועדיין נמצא בתוך לבנון, שכן רישומי הביטחון הכללי בשדה התעופה ודרך המעברים היבשתיים והימיים הוכיחו שהוא לא עזב את המדינה, אלא אם כן עזב בדרך בלתי חוקית". המקור עצמו לא שולל את האפשרות של "השתתפות אנשים אחרים בלבנון במבצע מעקב אחר אחמד שוכר, וביצירת התנאים לפיתויו וחטיפתו".
תקרית ביטחונית חמורה זו פותחת מחדש היסטוריה ארוכה של פעולות ישראליות המכוונות נגד אנשים הקשורים באופן ישיר או עקיף לפרשת רון ארד, בין אם באמצעות התנקשות, חטיפה או ניסיונות גיוס. לאור זאת, הביע המקור המשפטי חשש כי היעלמותו של אחמד שוכר עשויה להיות "פרק חדש בדפוס זה של התערבות ישראלית בזירה הלבנונית".
התרעות פיקוד העורף