עוד מסר דובר צה"ל כי עם קבלת הדיווח הראשוני הוקפצו כוחות צה"ל במהירות לזירת הפיגוע, וכי בשעות אלו פועלים כוחות הביטחון בכפר קבאטיה שבצפון השומרון לצורך סיכול טרור. במסגרת הפעילות, פשטו הכוחות על ביתו של המחבל שביצע את הפיגוע מוקדם יותר היום.
לדבריו, צה"ל פעל בשנה האחרונה באופן נרחב במרחבי הבקעה ויהודה ושומרון במטרה להבטיח את ביטחון התושבים, וימשיך לפעול בנחישות ובעוצמה, בשיתוף כלל זרועות הביטחון.
לאחר הפיגוע הרצחני בגזרת העמקים, בצה"ל ובשב"כ מסרו כי המחבל הוא שוהה בלתי חוקי, אשר הועסק במשך מספר שנים בישראל. עוד נמסר כי אביו של המחבל נעצר במסגרת הפעילות הביטחונית.
במקביל, כוחות מיחידת דובדבן, סיירת צנחנים ויחידת מצדה של שב"ס, לצד לוחמי שב"כ, נכנסו לפעילות בכפר קבאטיה ונערכים לפעילות מבצעית משמעותית. כוחות חטיבת מנשה וכוחות הנדסה פועלים לכיתור הכפר ולביצוע חסימות הנדסיות במרחב.
במהלך הפעילות בכפר קבאטיה משתתפים גם כוחות מג"ב, ובמהלכה רכזי שב"כ מבצעים תחקורים של חשודים בשטח. במקביל, כוחות צה"ל ושב"כ מבצעים מיפוי לקראת הריסת בית המחבל. הכוחות ממשיכים בשעה זו לסרוק איתורים נוספים בכפר, פועלים למעצר מבוקשים ולאיתור אמצעי לחימה.
בצה"ל ציינו כי הוקפצו גם כוחות אוויריים לצורך סיוע באש ובתצפית מעל מרחב ג'נין וכפר קבאטיה. בנוסף, כוחות תגבור מבא"ח כפיר הוקפצו למרחבי חטיבת מנשה וחטיבת הבקעה והעמקים, כחלק ממאמץ ההגנה על מרחב התפר והיישובים.
עוד נמסר כי עם קבלת הדיווח הראשוני על הפיגוע, כוחות מחטיבת הבקעה והעמקים הגיעו במהירות לזירה בבית שאן. במערכת הביטחון הדגישו כי בשנה האחרונה פועלים כוחות צה"ל באופן נרחב בצפון השומרון, לרבות פריצת צירים ונוכחות רציפה במחנות הפליטים.
נכון לשעות הערב, כוחות צה"ל ממשיכים להתפרס בצירים וביישובים במרחב הבקעה והעמקים ובשטחי יהודה ושומרון, במטרה להגביר את תחושת הביטחון ולתת מענה לאירועים, על רקע חשש מפעולות חקיינות. בצה"ל ובמערכת הביטחון שבו והתריעו הערב מפני הסיכון החמור שבהעסקת שוהים בלתי חוקיים.