כתב האישום מייחס לשמואלביץ' עבירות ביטחון שונות, ביניהן: ריגול חמור, מסירת ידיעה סודית, כניסה למקום צבאי וקבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות. במסגרת ניהול ההליך והחל משלביו הראשונים, בוצע לנאשם בירור פסיכיאטרי מקיף מטעם המדינה שנמשך מספר חודשים וכלל שתי חוות דעת פסיכיאטריות.
את חוות הדעת האחרונה ערך פאנל של שלושה מומחים, אשר קבע כמו הראשונה, כי הנאשם לא היה אחראי למעשיו בעת ביצוע העבירות. פרקליטות המדינה הודיעה כי היא מקבלת את חוות הדעת וכי מבחינתה, עומדת לו הגנת אי השפיות שתביא בסופו של דבר לזיכויו.
חרף זאת, ביקש שמואלביץ' לנהל הליך הוכחות בו כפר באישומים ולעת הזו בירור אשמתו נמשך, כאשר עד כה התקיימו 11 מועדי הוכחות, שבמסגרתם נשמעו 21 עדי תביעה ונותרו עוד שני עדי תביעה לסיום פרשת התביעה.
לאור הסכמות שהתקבלו בין התביעה להגנה בעניין המעצר, הורה בזמנו בית המשפט כי הנאשם יועבר למעצר באשפוז עד תום ההליכים. נושא החזקתו של הנאשם במעצר בתנאי אשפוז נבחן מעת לעת בהתאם להמלצות גורמי הרפואה בשירות בתי הסוהר.
במהלך נובמבר 2024, הוגשה בקשה ע"י בא כוח הנאשם לעיון חוזר במעצר, אולם בית המשפט המחוזי קבע אז כי ישנן ראיות לכאורה להוכחת המיוחס לו וכי תחכומן של העבירות והאופן בו בוצעו לכאורה, מצביעות על מסוכנות לביטחון הציבור וביטחון המדינה, וכן חשש לשיבוש מהלכי משפט.
ביום 27.8.25 הגישה ההגנה שוב בקשה לעיון מחודש במעצר, ואילו המאשימה התנגדה ודרשה להותיר את הנאשם במעצר. לאחר דיון בטענות הצדדים, קבע בית המשפט כי מן הראוי לבחון היתכנות ואפשרות לחלופת מעצר והנאשם הופנה לקבלת תזכיר מבחן.
בית המשפט סבר כי חלוף הזמן הניכר מאז המעצר הראשוני, בצירוף חוות דעתה המעודכנת של מחלקת ביטחון המידע של צה"ל לגבי הפחתת סיווג המידע והעמדה כי ניתן לשקול כעת חלופת מעצר, יחד עם פרשת התביעה שעומדת להסתיים, בד בבד עם סיום המלחמה והפסקת האש מאפשרים זאת.
כיום, הנושאים אשר במחלוקת בין התביעה להגנה הם: עניין הדרגות – הנאשם טוען שסבר שהיה זכאי להן באותו מועד, עניין גיוסו – האם היה כדין? וסיווג החומר הסודי והיקפו. במחלוקת גם נושאים נוספים, בהם: עבירת הריגול – ההגנה טוענת כי הנאשם מונה כדין ע"י קצין בכיר לתפקיד שהסמיך אותו לבצע את פעולותיו, אולם, עניין ההסמכה הנו במחלוקת כשלעצמו.
לצד כל אלה, להגנה טענות שונות באשר לפגמים בחקירה ולפסילתן/אי קבילותן של ראיות וטענות "הגנה מהצדק" בנוגע להפלייתו למול אנשי מילואים וסדירים אחרים שנהגו כמותו. קיימת מחלוקת גם בנוגע לשאלה – האם התקיימו יסודות העבירה של "ידיעה סודית" המיוחסת לנאשם?
בנוגע לגורמים להם מסר שמואלביץ' את המידע, ע"פ המאשימה, הוא חשף אותו בפני גורמים בלתי מורשים – אדם ששירת בעברו ביחידה מסווגת ואדם נוסף, טייס בעברו, שלאחר מכן שירת במטה הקריה. בנוסף, נטען כי הנאשם התכתב בוואטסאפ עם אדם שלישי ששירת בעברו ביחידה מסווגת ומסר לו ידיעה סודית, על אף שאינו מוסמך לקבלה.
כל אותם גורמים משמשים עדי תביעה מטעם המאשימה ברשימה שכוללת 59 עדים נוספים, מעבר לעדים שכבר פורסמו בכתב האישום המושחר שהותר לפרסום בזמנו. ברשימה החדשה, העדים לא מצוינים בשמם המלא, אלא בדרגתם ובאות אחת משמם בלבד. הרשימה כוללת גם קצינים בדרגות גבוהות וביניהם אלוף, תתי אלופים ובכירים נוספים.
משפחתו של הקצין במיל׳, אסף שמואלביץ׳, מבקשת לשתף את הציבור הישראלי בתחושות הקשות שעוברות עליה מאז תחילת החקירה באוקטובר 2023: "במשך יותר משנתיים הפכו את אסף שלנו מקצין פטריוט ישראלי, ערכי ומצטיין, כפי שהוא היה, למרגל ובוגד. אסף עצמו, וגם אנחנו כמשפחה תומכת, הפכנו בין לילה לנרדפים על ידי הרעל השקרי שהופץ כלפינו ברשתות החברתיות. תיאוריות קונספירציה מופרכות והזויות השתלטו על השיח והוא הפך לניצוד".
"עם הסרת חלק מצו איסור הפרסום לשמחתינו ושחרור הפראפרזה, בלון הריגול התפוצץ ויצא ממנו כל האוויר. עכשיו ברור לכל ישראלי שאסף יצא ב-7 באוקטובר מהבית כפטריוט ישראלי כדי לתרום מניסיונו הצבאי והאזרחי למען המדינה שהוא אוהב".
"כתב האישום שהוגש נגד אסף היה חסר פרופורציות, ללא שום קשר לממצאי החקירה שנוהלה בצה"ל, בשב"כ ובמשטרה. אסף, במקרה הרע, ביצע עבירת ביטחון מידע, שעליה היה צריך לעמוד לדין משמעתי במסגרת הצבאית וכי מדובר במקרה קלאסי של אכיפה בררנית".
"הראיות שבתיק מוכיחות כי הוא נכנס לבסיסי צה"ל כאיש מילואים, הציג את התעודות האישיות שלו, והוא לא התחזה לאדם אחר. אסף התייצב בשלישות, עבר חיול וביצע שירות מילואים במשך 11 ימים מיום תחילת המלחמה. אסף, אשר החזיק בסיווג בטחוני גבוה, קיבל אישורים וכתבי מינוי עליהם חתם גורם בכיר מאוד בפיקוד הדרום, שעשור קודם לכן פיקד על אסף במסגרת שירותו הצבאי בסדיר ביחידה קרבית מיוחדת".
"כעת ברור כי המעשים שביצע היו במסגרת תפקיד שהמפקד שלו מהסדיר הסמיך אותו. העברת המידע המסווג שיוחס לו, נעשה על ידי הצד השני בשיחה או שמדובר במידע גלוי מבולמס. הגורמים איתם דיבר היו בעלי סיווג גבוה מיחידות מסווגות בצבא או במסגרת בטחונית אחרת".
"חשוב לנו להדגיש כי לצדו של אסף עומדת חוות הדעת הרפואית שקבעה, בהסכמת המדינה, כי הוא לא כשיר בעת האירועים. אבל, אסף בחר להמשיך ולנהל את המשפט על מנת להגיע ליום הזה, וגם לסופו של ההליך המשפטי שבו הוא ייצא זכאי ויוכח מעל לכל ספק שהאישומים שיוחסו לו היו מנופחים ומופרכים".
התרעות פיקוד העורף