החקירה נוהלה כתיק רצח פלילי בלהב 433, בשיתוף שירות הביטחון הכללי. עם ביצוע המעצרים הורה בית משפט השלום בנצרת על צו איסור פרסום גורף בנוגע לפרטי החקירה.
במהלך החקירה נעצרו החשודים לתקופות ממושכות, ובמשך כ-10 ימים אף נמנעה מהם פגישה עם עורכי דינם. לאחר מספר הארכות מעצר, הורה בית המשפט בשבוע שעבר על שחרורם, לאחר שהחקירה נקלעה למבוי סתום ולא נמצאה תשתית ראייתית מספקת להמשך החזקתם במעצר. החשודים שוחררו ללא תנאים מגבילים, לאחר שהחוקרים הגיעו למסקנה כי אין להם קשר לחטיפה או לרצח החייל.
במבצע המעצרים בטובא זנגריה השתתפו כ-150 שוטרים ולוחמים מיחידות מיוחדות. ארבעה מהעצורים הם בני אותה משפחה. לאחר פרסום דבר המעצרים טענו תושבים ביישוב כי הרקע לפרשה אינו לאומני אלא פלילי, וכי הוא קשור לכאורה לעסקאות נשק.
במהלך השנים עלה גם חשד כי חבר נחטף לסוריה והוחזק שם בכלא, ואף נעשו ניסיונות תיווך מצד גורמים זרים, בהם מתווכים גרמנים, אך ללא כל תוצאה. בחקירה הנוכחית נבדק החשד כי חבר נחטף בעת שיצא מבסיסו, נשקו האישי נלקח, והוא נרצח וגופתו נקברה באזור. המשטרה ערכה חיפושים לא הרחק ממקום מגוריהם של החשודים, בניסיון לאתר את גופתו או את רובה ה"גליל" שהיה ברשותו, אך לא נמצאו ראיות.
גיא חבר, חייל סדיר בן 20 בחיל התותחנים, נראה לאחרונה ב-17 באוגוסט 1997 בבסיס שבו שירת ברמת הגולן. הוא עזב את הבסיס כשהוא נושא את נשקו האישי, ומאז נעלמו עקבותיו. חרף חיפושים ופעולות חקירה שנעשו לאורך השנים, לא נמצא עד היום ממצא שיבהיר מה עלה בגורלו.
בתוך כך, תעלומת ההיעלמות של חייל צה"ל, סמ"ר גיא חבר, העסיקה את כלל מערכת הביטחון הישראלית במשך שלושה עשורים. גיא חבר נעלם מבסיס "הרעם", בסיס האם של גדוד התותחנים 334, ב־17 באוגוסט 1997. מה שקרה ביום היעלמותו של גיא היה המפתח למוצא החקירות שניהלו המשטרה, מצ"ח, השב"כ, המוסד ויחידת אית"ן.
כמעט כל מי שעסק בחקירת היעלמותו של גיא חבר טוען כי הסברה שגיא נחטף על ידי כוח קומנדו סורי והועבר לסוריה, או שהוא חצה מרצונו את הגבול לסוריה, היא בעלת סבירות נמוכה. עם זאת, ישראל לא חסכה מאמצים, ובמשך שנים נבדקו ידיעות, גרסאות ותזות בידי גורמי הביון הישראליים - אולם לא נמצאו ממצאים המעידים על כך.
התרעות פיקוד העורף