מאבטחי נתב"ג והמשטרה הורידו את הנוסעים וכל אחד מהם עובר תשאול. מטוסי הקרב הוזנקו לעבר מטוס הנוסעים ובצה"ל אומרים כי רק לאחר שהטייס של מטוס הנוסעים הודיע כי הוא שולט במטוס ושהוא יכול להנחית אותו בנתב"ג ליוו מטוסי הקרב את המטוס עד לנחיתה. המטוס לא נכנס לגלישה לנחיתה מעל תל אביב אלא הוכנס מנתיב שאין תחתיו אזור מגורים צפוף.
ברגע שהמטוס מקבל אישור טיסה, הפקח מורה לטייס את הקוד בקשר: Tel Aviv Airlines 431, squawk 2461 והטייס משיב: Squawking 2461, Tel Aviv Airlines 431. מיד לאחר מכן הוא מקליד את הקוד במכשיר הטרנספונדר. הקוד נשמר ומתחיל לשדר עם המעבר למצב ALT שבו המערכת שולחת גם נתונים על גובה המטוס.
ישנם שלושה קודים שמועברים על ידי המערכת במצב חירום: קוד 7700 נשלח כשיש תקלה חמורה במנוע, אש, ירידת לחץ או מקרה רפואי מסכן חיים. קוד 7600 משמש כשנפסק הקשר עם הפקח, והמטוס ממשיך לטוס לפי הנחיות חירום עד לחידוש התקשורת. ואילו 7500 הוא הקוד הדרמטי ביותר: סימן מוסכם לחטיפה.
התרעות פיקוד העורף