גורמים בצה"ל אומרים כי מפקדי וחיילי מערך 9900 פועלים ללא הפסקה כדי לאסוף ולעבד מודיעין עדכני ואמין אשר משמש למחקר, בניית מטרות, התרעה והגנה על האזרחים בישראל.
העבודה של חיילי היחידה כוללת שילוב של מקורות מידע שונים - מאיסוף המידע, תכנון המשימות, דרך עיבודו ועד לניתוח מעמיק. חלק מרכזי באיסוף פעילות המערך משלבת מידע חזותי ממקורות שונים עם יכולות נוספות של אמ"ן, ובכך מחזקת את איכות ואמינות התוצרים המודיעיניים.
מערך 9900 הרחיב באופן משמעותי את תפוקותיו, כאשר בצה"ל אומרים כי במערכה הנוכחית נרשם שיפור של איכות התוצרים המודיעיניים והפקת לקחים ממבצע “עם כלביא”.
בצה"ל אומרים כי מערך 9900 חושף את הפגיעות המדויקות במטרות השייכות למשטר הטרור האיראני. בתיעודים שמפרסם הערב צה"ל ואשר הופקו בפעינוח לווינים בחידה ניתן לראות השמדה של מתחם לייצור טילים ומטוסים ששימשו את "כוח קדס".
התרעות פיקוד העורף