צה"ל, השב"כ והמשטרה פועלים תחת חוקים יעודיים לכל ארגון, ואילו המוסד מנוהל באופן מלא על ידי ראש הארגון וכפוף לראש הממשלה. "לראש המוסד יש מעמד שונה מכל ראש ארגון אחר, ובשל כך נדרש ממנו לעמוד בסטנדרטים אישיים ומקצועיים גבוהים במיוחד" אומר גורם במערכת הביטחון. הדעה במערכת הביטחון היא שבג"ץ מודע היטב למעמד היחודי של ראש מוסד והדופי שנדבק באלוף גופמן היא בעייתית ביותר.
הנער נעצר על ידי השב"כ והמשטרה והואשם בבגידה ובריגול חמור, בשלב בו כוחות הביטחון לא ידעו שגופמן הפעיל את אלמקייס. רק לאחר שהוגש כתב האישום נגד הנער, הצליחו הסנגורים להוכיח ולחשוף את מעורבות הקצין הבכיר שפעל על דעת עצמו.
ההערכה במערכת הביטחון כי העיכוב בקבלת ההחלטה עשויה להוביל את נתניהו לבקש מראש המוסד המכהן דדי ברנע לדחות בשבועות או בחודשים את מועד סיום תפקידו, שצפוי להגיע לאחר כחמש שנים של שירות בראש סוכנות הביון.
התרעות פיקוד העורף