כאמור, בישראל חוששים כי ספינות חיל הים הטורקי עשויות להיכנס לעימות מול ספינות חיל הים הישראלי - אך מוערך כי לא יווצר עימות ממשי. המתיחות בין טורקיה לישראל עולה שלב דרמטי ולראשונה עולה חשש כי עשוי להתפתח עימות צבאי בין שני הצבאות, בעוד גורמים מדיניים פועלים מאחורי הקלעים להרגיע את הרוחות.
בחיל הים החלו בהכנות לעצירת המשט. נכון לעכשיו המשט טרם יצא מרמריס. לא ברור היכן חיל הים מתכוון לעצור את הספינות מול חופי יוון כפי שהיה לפני שבוע. במקרה זה הקירבה לחופי טורקיה עשוי לזמן עימות בין ציי הים של המדינות. גורמים בצה"ל אמרו כי ישראל פועלת מול טורקיה בדרכים דיפלומטיות כדי למנוע את יציאת המשט.
התרעות פיקוד העורף