סמוך לשעה 02:30 בלילה, נעמד המחבל מחוץ למעבר והחל ליידות אבנים אל המאבטחים, שמנעו ממנו את הכניסה, עוד לפני שזיהו שהוא מחזיק סכין. כוח של לוחמי מג"ב עוטף ירושלים שהגיע למקום פנה לעבר החשוד, שבשלב הזה שלף סכין ואיים לפגוע בלוחמים. מבדיקה שנערכה עולה כי מדובר בצעיר בעל עבר ביטחוני שהיה מעורב בשני פיגועים בעבר.
גורם בכיר במג"ב שיתף את מעריב: "לוחמים שלנו ניסו לעצור אותו בהידברות, אך הוא לא נענה לקריאות שהופנו אליו בעברית ובערבית והמשיך לנופף לעברם בסכין. הכוח פתח בירי לאוויר - שתי יריות, אולם החשוד לא נרתע והמשיך לאיים עם הסכין. רק לאחר שהכוח ירה ברגלו החשוד נוטרל, נכנע, נעצר והועבר לחקירה, תחילה במג"ב ומיד לאחר מכן הוא יועבר להמשך חקירה בשב"כ". אין נפגעים לכוחותינו.