בשעה האחרונה אירעה שורה של פעולות תג מחיר באיו"ש. כוחות צה"ל וכיבוי הוזעקו בעקבות הצתת שדות הכפר נקורה, ליד שכם. ההערכה הראשונית היא כי מדובר בפעולת נקם בעקבות הפיגוע הקשה הבוקר (שישי) בחוות גלעד.
בצה"ל מסרו כי לפחות חלק מההרוגים הפלסטינים היו מעורבים בחטיפת הנשק, וכי שניים מהם חוסלו בידי מפקד מחלקה שהגיע למקום, ובהם המחבל שאחז בנשק. בצבא העריכו כי האירוע החל כהתארגנות ספונטנית ולא כפיגוע מתוכנן. לאחר מכן פעלו הכוחות לחילוץ כלל הישראלים מהכפר, בהם ילדים, ותגברו את האזור לקראת פעילות מעצרים נרחבת בשכם ובכפרים הסמוכים. בצה"ל הביעו חשש מפעולות נקם ומאירועי פשיעה לאומנית בעקבות הפיגוע.