מנגנון ההפרדה הוא עקיפת רגולציה. כדי לעקוף את מגבלות מערכת הביטחון ומשרדי הממשלה, העסקה פוצלה באופן הבא: האפאג-לויד הגרמנית תרכוש ותבלע את כל הפעילות הבינלאומית של צים ואת הצי החכור שלה. קרן פימי תקים חברה נפרדת בשם "צים ישראל". ישות זו אמורה להחזיק בבעלות על 16 אוניות בינוניות, להמשיך להפעיל קווים אסטרטגיים לישראל, ובכלל זה הקו שבין ארה"ב לים התיכון, ולהחזיק במרכיבי "מניית הזהב" של המדינה.
לכך יש כרגע התנגדות רוחבית של משרדי הממשלה: בנוסף למערכת הביטחון, רשות הספנות והנמלים, יחד עם משרדי הכלכלה, החקלאות והתחבורה, הגישו חוות דעת המתנגדות לעסקה, מחשש לפגיעה בעצמאות הימית הכלכלית ובאספקת המזון בחירום.
רשות החברות הציגה לרוכשות מסמך עם 145 שאלות ביטחוניות וכלכליות. נכון להיום, המדינה דחתה את קבלת ההחלטה הסופית וקבעה שימוע מיוחד מול שמונת הגורמים הממשלתיים לספטמבר 2026. ההערכה במערכת הביטחון היא כי ישראל לא תאפשר את מכירת צים לחברה הגרמנית, ששליש ממנה מוחזק בידי קטאר וערב הסעודית.