סמוך לשעה 03:45, הגיע המחבל לאזור כשהוא רכוב על אופנוע, החנה אותו סמוך לשער שכם וירד ממנו. בשלב זה, הוא ניסה לדקור אזרחים ששהו במקום.
לוחמי מג"ב ירושלים שפעלו בקרבת מקום הבחינו באזרחים הנמלטים והחלו להתקדם לעברם, ובמקביל קיבלו את הדיווח על ניסיון הדקירה. עם הגעתם למקום וזיהוי המחבל, הוא שלף סכין וניסה לדקור את אחד הלוחמים. הלוחם הצליח להתרחק ממנו, ולוחם ולוחמת מג"ב נוספים פתחו באש וחיסלו את המחבל.
התרעות פיקוד העורף