במהלך השנים צה"ל השתמש בפצצות מצרר, בייחוד במלחמת ההתשה - במטרה לפגוע במערך הטילים של המצרים לאורך התעלה. הסיבה לכך הייתה שהמצרים הצליחו להסתיר ולפזר את הטילים, וחיל האוויר התקשה לפגוע בכל הטילים שסיכנו את המטוסים. במלחמת לבנון השנייה, צה"ל עשה שימוש ברקטת MLRS, שהייתה סוג של רקטת מצרר שמתפזרת על פני שטח נרחב. בעקבות ביקורת בין לאומית, צמצם צה"ל את השימוש בחימושים הללו.
אמנת ז'נבה אוסרת על שימוש בפצצות מצרר כנגד כוחות חי"ר. פצצת המצרר שירה חיזבאללה במהלך מלחמת חרבות ברזל הייתה מהסוג האסור לשימוש על פי אמנת ז'נבה. חיזבאללה ירה את הפצצות הללו לעברי שטחי כינוס של צה"ל ולעבר מערכים מתמרנים של צה"ל בלבנון. מספר לא קטן של חיילים נפגעו מהשימוש שעשה חיזבאללה בפצצות.
גם איראן עשתה במהלך המלחמה שימוש בפצצת מצרר כאשר ירתה טילים עם ראש נפץ מתפצל, ובטרם הגעתו לקרקע שחרר ראש הנפץ עשרות פצצות קטנות שגרמו לנזקים גדולים בגוש דן ובאזור חיפה. על פי הערכה ראשונית כרגע בצה"ל, פצצת המצרר שממנה נפגעו התלמידים ממעלות נורתה בעבר לעבר כוחות צה"ל שהיו בגזרה. סמוך למקום היה מוצב של חיל ההנדסה הקרבית במהלך המלחמה.
אחת ההערכות היא שאחת הפצצות הקטנות מהמצרר נחתה ולא התפוצצה. בשל סבך הצמחייה, הבוץ ותנאי השטח ההרריים, היא ככל הנראה נסתרה מעיני חבלני המשטרה וצה"ל שסרקו וזיכו את האזור. בשל העובדה שהפצצה הייתה דרוכה, המגע שלה ע"י אחד הנערים הוביל להפעלתה ולפיצוץ הקטלני. כל פצצה כזאת מכילה כמה עשרות גרם של חומר נפץ תקני, ומכאן הנזק הרב שגרמה.