לאחר שחרורו מצה"ל עסק בהדרכת נערי רחוב מטעם עיריית ירושלים. רונצקי הוא בוגר ישיבת מרכז הרב והמכון להכשרת מורים ליהדות. בשנת 1980 היה שותף להקמת הישיבה אלון מורה ולימד בה כר"מ.
בשנת 1984 היו בני הזוג רונצקי ממקימי היישוב איתמר בשומרון, שהוקם על ידי משפחות של חוזרים בתשובה מבוגרי מכון מאיר. הרב רונצקי שימש כרב היישוב בשנותיו הראשונות וב-1998 הקים ישיבה ביישוב ועמד בראשה. במקביל לעיסוקו כרב שירת במילואים ועלה בסולם הדרגות, עד לתפקיד של ראש מטה חטיבה מרחבית בשומרון. כן שימש כראש מנהלת השילוב הראוי בצה"ל.
ב-19 בספטמבר 2006 הועלה הרב רונצקי לדרגת תת-אלוף ומונה לרב הצבאי הראשי, כמחליפו של הרב ישראל וייס. הרב רונצקי שם דגש בתקופת כהונתו על הרחבת היקף הפעילות של תחום "תודעה יהודית". פעולתו זו גררה ביקורת מצד גורמים רבים בצבא ומחוצה לו, בטענה שהוא פולש לתחום של חיל החינוך ומנסה להקנות אינדוקטרינציה דתית לחיילים. לאחרונה ביטל הרמטכ"ל, רב אלוף גדי איזנקוט, את מדור התודעה הדתית כיחידה נפרדת והוסיף אותו לאגף כוח אדם. הרב רונצקי טען כנגד מבקריו כי מטרתו היא חיזוק צה"ל על ידי הגברת רוח הלחימה שלו. כל אורך כהונתו ואף לאחריה התבטא נגד סירוב פקודה. לדבריו, "לא משנה מה העמדה הפרטית שלי, אבל אם המדינה מחליטה לפנות מקום, הצבא צריך לבצע את הפקודה".
בערב פסח (שחל בשבת) 2008, כאשר שהה הרב רונצקי עם לוחמים מבית הספר למ"כים בדרום הארץ, הוקפצו מספר מפקדים מהבסיס לרצועת עזה, בעקבות הודעה על חדירת מחבלים לישראל, ורונצקי הצטרף אליהם, לאחר מכן המשיך לביקור בחטיבה הצפונית ובמהלך השבת חזר לבית הספר למ"כים. רבנים האשימו אותו בחילול שבת, בטענה שלא הייתה לו סיבה להצטרף לכוח הצבאי, משום שאינו נושא בתפקיד מבצעי.
במהלך מבצע עופרת יצוקה ליוו אנשי הרבנות הצבאית, בהוראת הרבצ"ר, את הכוחות הלוחמים, העבירו להם הרצאות ושיעורים וכן חילקו דפי מסרים. רונצקי עצמו השתתף בלחימה וליווה את כוחות גדוד 890 ויחידות נוספות. הדבר יצר חיכוך עם אנשי חיל החינוך והנוער. הרמטכ"ל דאז, רא"ל גבי אשכנזי, קיים פגישה עם קצין חינוך ראשי, תא"ל אלי שרמייסטר, ורונצקי כדי להסדיר את חלוקת התפקידים בין שני הגופים האחראים בצה"ל על הקניית תכנים ערכיים וחינוכיים לחיילים וללוחמים. אשכנזי הודה לאנשי הרבנות על חיזוק רוח הלחימה בקרב הכוחות הלוחמים, אך ציין גם כי אנשי הרבנות הפיצו חוברת שיש בה גוון פוליטי.
בעקבות ראיון עם קצין דתי הומוסקסואל בעיתון במחנה ביולי 2009, שלח מכתב חריף לראש אכ"א ולראש חיל החינוך בו כתב ש"אין מקום לכתבה על אנשים בעלי נטיות הפוכות בעיתון של הצבא". מכתב זה זכה לגינוי מארגוני להט"ב וכן לתגובה רשמית מצד דובר צה"ל המתנערת מאמירות המייצגות "דעה אישית ולא את מדיניות צה"ל".
בדצמבר 2014 התמודד בפריימריז על מקום ברשימת הבית היהודי לקראת הבחירות לכנסת העשרים, והגיע למקום ה-13 ברשימה. המפלגה קיבלה בבחירות 8 מנדטים ורונצקי לא נכנס לכנסת.
בפברואר 2016 התנדב הרב רונצקי לתרום כליה. בבדיקות רפואיות לפני הניתוח נתגלה אצלו גידול ממאיר במעי הגס והוא עבר ניתוח להסרתו. היום כאמור, נפטר ממחלת הסרטן. הוא הותיר אחריו אשה, שישה ילדים ונכדים.
התרעות פיקוד העורף