חיסולו בקסבה של שכם התבצע בתום חילופי אש קשים ואחרי שהכוחות המשולבים כיתרו את ביתו וכרזו לו לצאת בידיים מונפות כדי לעצור אותו. אל־נאבולסי, שבחר לא להיכנע, יצא מביתו חמוש בנשק – כפי שצפו כוחות הביטחון - ופתח באש לעברם. במקום התפתחו חילופי אש, שבמהלכם חוסל אל־נאבולסי יחד עם סייען שלו שנכח במקום. פעילות הכוחות במקום הסתיימה וכלל הכוחות יצאו מהעיר ללא נפגעים.
על פי משרד הבריאות הפלסטיני, מלבד אל־נאבולסי נהרגו במהלך האירועים שניים נוספים: אסלאם סאבוח וחוסיין ג'מאל טאהה.
במהלך כיתור ביתו של המחבל התפתחה הפרת סדר אלימה בהשתתפות עשרות בני אדם, שיידו אבנים והשליכו מטענים לעבר הכוחות. הללו הגיבו באמצעים לפיזור הפגנות ובירי וזוהו מספר פגיעות. על פי דיווחים פלסטיניים ישנם כ־30 פצועים.
מהשב"כ נמסר: "כחלק מהפעילות ההתקפית למול ריכוזי הטרור באיו״ש, בפעילות משותפת של שב"כ, ימ"מ וצה״ל בלב הקסבה של שכם, נהרג אברהים אל־נאבולסי, פעיל טרור מבוקש, אשר אחראי על שורת פיגועי ירי לעבר כוחות צה"ל בגזרה".
"במהלך ניסיון המעצר התנהלו חילופי אש בין כוחותינו לבין חמושים במרחב, שבהם נהרג פעיל טרור נוסף. בסריקות שבוצעו באיתור שבו שהה נמצאו כמות מטענים גדולה ואמצעי לחימה נוספים. אל־נאבולסי היה חבר בחוליה אשר סוכלה בפברואר 2022 בשכם. שב"כ, משמר הגבול וצה״ל ימשיכו לפעול לסיכול כל פעילות טרור המוכוונת כלפי אזרחי מדינת ישראל", נמסר עוד בהודעה.
השר לביטחון הפנים עמר בר־לב התייחס לפעילות אתמול בשכם ואמר: "הפעולה של ימ"מ, צה"ל ושב"כ בקסבה בשכם, שבה חוסלו פעיל הטרור המבוקש אברהים אל־נאבולסי ומחבל נוסף שהיה איתו, מוכיחה לא רק את אומץ לבם ומקצועיותם של הלוחמים, את המודיעין המדויק ואת שיתוף הפעולה המרשים בין הכוחות השונים, אלא גם את העובדה שהממשלה ממשיכה ליזום ולפעול התקפית כדי להניח את היד על כל מחבל".
לסיום, הוסיף השר ש"כפי שפעלנו במבצע עלות השחר, כך נמשיך ליזום בכל מקום ובכל זמן כדי לפגוע בדורשי רעתנו".