היועץ המשפטי לממשלה ממונה על ידי הממשלה לפי המלצה של ועדת איתור מקצועית, על פי נוהל שנקבע בעקבות ועדת שמגר בשנת 2000. סמכות פיטורי היועץ או היועצת נתונה בידי הממשלה. דוח ועדת שמגר, שגיבש את הנוהל, קבע שהפסקת כהונתו של היועץ אפשרית רק במקרים חריגים, ובכפוף להמלצות ועדה ציבורית, מקצועית, בלתי תלויה. הרעיון המקורי היה ליצור בלם פוליטי, כדי שלא יהיה אפשר לפטר יועץ משפטי משיקולים שאינם ענייניים.
הממשלה הנוכחית מנסה להחליף את הוועדה המקצועית בוועדה פוליטית, כדי שהפיטורים יישענו רק על החלטת השרים. זהו אחד הנושאים שבג״ץ נדרש לו – השאלה אם שינוי כזה הוא סביר וחוקי. הממשלה טוענת שלא ניתן "לכפות" עליה לעבוד עם יועצת משפטית שאין לה אמון בה.
עוד טוענת הממשלה שקיימים "חילוקי דעות עמוקים ומתמשכים" שמונעים תפקוד תקין, ושבמצב כזה יפגע המשך כהונתה של היועצת בניהול השוטף של המערכת הממשלתית. היועצת המשפטית לממשלה טוענת שהיא שומרת סף, ושאם הממשלה תוכל להדיח אותה בקלות היא תפגע בעצמאותו של התפקיד ובכך תהפוך את הייעוץ המשפטי לכלי פוליטי ולא מקצועי.
התרעות פיקוד העורף