כזכור, פרסמנו כי שורשי המאבק טמונים בהתנהלותו של כהן מאז מונה לתפקיד בתחילת 2023. על פי עתירת עמותת לביא כבר מראשית כהונתו נמנע כהן מאיוש שורת תפקידים בכירים באגף הכשרות – בהם ראש אגף שחיטה בחו"ל, מנהל מחלקת היבוא וראש אגף הכשרות הארצית – תוך שהוא מרכז סמכויות בידיו, לעיתים תוך חריגה נטענת מן הדין.
בעקבות השבתת מנגנוני הפיקוח והיעדר סמכות מוסמכת לחתום על תעודות כשרות לבשר מיובא, נטל כהן את הסמכות לחתום על תעודות הכשרות בעצמו – על אף שמעולם לא הוסמך לכך. לפי העתירה שהוגשה לבג"ץ, צעד זה נעשה ללא גיבוי משפטי וגרר פגיעה ממשית באכיפת חוק איסור הונאה בכשרות. בתוך כך, פעילותם של פקחי הרבנות במפעלי שחיטה בחו"ל הופסקה, ואכיפת החוק נבלמה כליל לאחר שלא מונה תובע חלופי במקום התובעת שפרשה לפני כשנה.
על רקע ההתנהלות הזו נרשמה שורת עימותים חריפים בין כהן לרב הראשי לישראל, שבשיאם – כך לפי גורמים שנכחו בפגישה – נשמעה שיחת צעקות שבה דרש הרב בר למנות בדחיפות אחראי לתחום יבוא הבשר. כהן השיב לו: "אני לא מתחשב בך", ובהמשך סירב להשתתף בישיבה שזימן אליו הרב הראשי. ניסיונו של כהן לבצע מינוי במחלקת היבוא ללא ידיעתו של הרב בר נבלם לאחר שהובא לידיעת גורמים במועצה.
במועצת הרבנות הראשית ובקרב רבנים בכירים גוברת הביקורת. שישה רבני ערים ומאות רבנים נוספים חתמו על מכתב הקורא להדחת כהן. לדבריהם, ההחלטה של יהודה כהן לפטר את מנהל אגף הכשרות ומנהל מחלקת ייבוא בשר ברבנות הראשית "יצרו אנרכיה בתחום הכשרות".
בישיבה שנערכה במועצת הרבנות הראשית ופורסמה לראשונה במעריב, ביקש הרב קלמן בר למנות את הרב משה בוחבוט לתפקיד ממלא מקום מנהל אגף שחיטת חו"ל, ואמר: "אני מתחנן למנות את הרב בוחבוט היום". כהן השיב: "לא יקום ולא יהיה". עתה, על רקע ההתמודדות הפוליטית סביב מינוי נציב שירות המדינה, הופך הסכסוך הפנימי ברבנות הראשית למבחן ציבורי ראשון עבור ראש הממשלה נתניהו – שעלול להתבקש להסביר מדוע בחר למנות לתפקיד כה בכיר דווקא את מי שבעיני רבנים רבים - בהם רבנים החברים במועצת הרבנות הראשית לישראל - מהווה סמל למשבר אמון.
התרעות פיקוד העורף