במכתב נטען כי חברת "בלדי" ביקשה לאחרונה לאשר לה לייבא עופות משחיטה בחו"ל בפיקוח הרבנות, אך הרב הראשי לישראל סירב לכך בשל ליקויים חמורים בפיקוח על שחיטת הבקר המיובא, ובהם העובדה שמפקחים מטעם הרבנות אינם נשלחים בפועל לבתי המטבחיים בחו"ל.
לדברי הרב אליהו, למרות החלטות ברורות של מועצת הרבנות הראשית ושל הרבנים הראשיים לאורך השנים, כהן מסרב זה כשנתיים וחצי להוציא אל הפועל את מנגנון הפיקוח. הרב טוען כי מדובר בפגיעה באמינות הכשרות ובאמון הציבור.
עוד נכתב כי המנכ"ל כהן שלח מכתבים ליבואנים שבהם הביע תמיכה בעמדתם, בניגוד לעמדת הרב הראשי. במכתב נוסף, פירט כהן את עמדתו האישית מדוע יש לאפשר את השחיטה בחו"ל, באופן שלדברי הרב אליהו עלול לשמש את היבואנים בעתירה משפטית נגד הרבנות.
"התנהלותו של יהודה כהן חמורה", כתב הרב אליהו. "היא משקפת חוסר הבנה בסיסי באשר להיררכיה המוסדית-ממשלתית, חוסר לויאליות בוטה כלפי הרב הראשי שהוא הממונה הישיר עליו, ולקות יסודית בהבנת מקומו".
עוד הוסיף: "היכן נשמע כדבר הזה שמנכ"ל יטיח באופן פומבי בפני גורמים חיצוניים שהם בעלי עניין, ביקורת כלפי הדרג המדיני הממונה עליו, ויפעל להגשמת אינטרס עסקי של בעלי הון תוך שהוא חותר להכשלת הגוף שהוא אמון עליו?".
בסיום המכתב כתב הרב אליהו לנציב: "למען תושבי המדינה שצורכים את כשרות הרבנות הראשית לישראל ולא מקבלים שירות ראוי, אני מבקש ממך להפעיל את סמכויותך ולסיים את העסקתו של יהודה כהן כמנכ"ל הרבנות הראשית, על רקע אי התאמתו המובהקת לשמש בתפקיד זה".
התרעות פיקוד העורף