מאז כניסתו של כהן לתפקידו, פוטרו שורה של בעלי תפקידים מרכזיים בתחום הכשרות, בהם מנהל אגף הכשרות, מנהל מחלקת הייבוא ומנהל מחלקת ייבוא הבשר מחו"ל.
על פי גורמים שנכחו בפגישות בין השניים, באחת מהן התפתחה שיחת צעקות שבמהלכה דרש הרב בר למנות מנהל למחלקת ייבוא בשר, האחראית על ייבוא של כ-140 אלף טון בשר בשנה. כהן השיב: "אני לא מתחשב בך", ובהמשך אמר: "אני לא אבוא לישיבה".
חבר מועצת הרבנות הראשית אמר כי מדובר ב"חוצפה שאין כדוגמתה, דברים שמעולם לא ראיתי". בהמשך השבוע נטען כי כהן ניסה למנות במחטף מנהל למחלקת ייבוא מוצרים, האחראית על ייבוא של כמיליון טון בשנה - ללא תיאום עם הרב הראשי. המהלך נבלם.
בעקבות ההתנהלות, מאות רבנים - בהם שישה רבני ערים ורבנים בכירים בתחום הכשרות - קראו להדחת כהן. לדבריהם, "הפיטורים יצרו אנרכיה בתחום הכשרות", והובילו לאירועים חמורים, בהם מתן הכשרים ללא נוכחות במפעלים, חריגות מנהלים במשחטות וליקויים חמורים בכשרות.
גורם בכיר ברבנות סיכם: "מדובר באובדן אמון ביהודה כהן כמנכ"ל הרבנות הראשית. הוא מצפצף על הרב הראשי לישראל. יהודה כהן לא מבין שהוא לא הרב הראשי ולא מנהל מחלקות ברבנות. ההתנהלות הזו צריכה להביא לסיום תפקידו".
התרעות פיקוד העורף