אחת הסוגיות המרכזיות נוגעת לקביעת מנדט החקירה. לפי ההצעה, הממשלה תקבע את נושאי החקירה. הייעוץ המשפטי כותב כי "בראש ובראשונה, ברור שמי שיקבע את היקף החקירה – מה ייחקר ומה לא – יכול להשפיע על גורל החקירה עוד בטרם החלה".
הוא הוסיף כי "מתן סמכות זו בידי הממשלה חותר תחת התכלית שהצעת החוק הציבה לעצמה – להביא לחקירה מלאה, בלתי תלויה". בנוגע לתיחום תקופת האירועים שייחקרו, נכתב כי "ברור שהבחירה בנקודה מסוימת על ציר הזמן משליכה באופן משמעותי על היקף החקירה".
לגבי הרכב הוועדה, המאפשר מספר זוגי של חברים, מזהיר הייעוץ המשפטי: "עלול להיווצר מצב של מבוי סתום שבו לא יושג רוב לשום עמדה", וכי "התוצאה עלולה להיות, למשל, כתיבה של שני דוחות נפרדים".
התרעות פיקוד העורף