לפי הצעת החוק, התיקים ידונו בפני בית משפט צבאי שיוקם מכוח תקנות ההגנה לשעת חירום. בראש כל הרכב יעמוד שופט בית משפט מחוזי בדימוס, ובראש הרכב ערעור יעמוד שופט בית משפט עליון בדימוס, נשיא מחוזי בדימוס או נשיא בית הדין הצבאי לערעורים. לבית הדין תינתן סמכות לדון בכלל העבירות הקיימות בדין הישראלי, לרבות עבירות לפי חוק השמדת עם, עבירה של פגיעה בריבונות המדינה, סיוע לאויב במלחמה ועבירות לפי חוק המאבק בטרור.
עוד מוצע כי בשל המורכבות הראייתית והיקף הזוועות, ניתן יהיה לסטות מסדרי הדין ודיני הראיות הרגילים כדי להבטיח את בירור האמת, תוך שמירה על הגינות ההליך. החוק קובע כי לא תתאפשר אפשרות לשחרור נאשמים או מורשעים במסגרת עסקאות עתידיות של שחרור מחבלים. הדיונים יהיו פומביים ככלל, ישודרו באתר אינטרנט ייעודי ויישמרו עבור ארכיון המדינה. בנוסף, תוקם ועדת היגוי בראשות ראש הממשלה ובהשתתפות שרי המשפטים, הביטחון והחוץ, שתקבע את המדיניות וההיערכות להעמדה לדין.
היום התקיים דיון בכנסת על החוק. ח"כ יוליה מלינובסקי העריכה בדיון כי ניתן יהיה להגיע לנוסח סופי של החוק בתוך כשבוע. לדבריה, "אבקש שתסתכלו על צעדי הענק שנעשו יחד קואליציה ואופוזיציה, ותזכרו שאנו צועדים יחד בדרך לא מוכרת. לא היה דבר כזה. קווי היסוד מוסכמים, שצריך להיות בית משפט עם הליך סדור, נקי לגיטימי, וברור שהאחריות עלינו, והמורכבות מטורפת. יש פה חשיבות לאומית היסטורית, כשהכאב האישי משתלב עם הכאב הלאומי והזיכרון. אני מבינה את החששות אבל נעשה הכל בהתגייסות משותפת".
עוד הוסיפה: "כמטפלת, עו"סית קלינית, אחד הדברים שהכי פוגעים בנפגעים הוא לקיחת השליטה מידיהם. לא הייתי רוצה שילדיי או חבריהם ייתקלו בעדות של מחבל שמתאר איך הוא רצח את בני משפחתי. נכון יותר שדיון כזה ייערך בדלתיים סגורות ותינתן לי אפשרות לעדות סגורה. אלו תכנים הכי קשים שיש".
בפרק העוסק בזכויות נפגעי עבירה, מוצע לקבוע כי הוראות חוק זכויות נפגעי עבירה יחולו גם על ההליכים לפי החוק החדש. לגבי נוכחות נפגעי העבירה, נקבע כי יוכלו להיות נוכחים באולם הדיונים, או באולם אחר שיוקצה לצפייה דיגיטלית, וכן תתאפשר להם צפייה דיגיטלית מרחוק, בהתאם לתפוסת האולמות. עוד מוצע כי ראש התביעה יקים מערך ייעודי שיהיה אחראי על הבטחת זכויותיהם של נפגעי העבירה ומימושן, ויפעל למימוש מיטבי של הזכויות ולמתן מענה לצרכים, בשים לב להיקף הנפגעים וחומרת הפגיעה בהם.
התרעות פיקוד העורף