"השופטים עצמם ציינו שיש צורך בסיום המשפט 'לטובת העניין והמדינה'", נכתב בחוות הדעת. "היועמ"שית בחרה להתעלם". עוד מבקר השר גם את מחלקת החנינות במשרד המשפטים, שהמליצה שלא לחון. לדבריו, המחלקה היא "גוף מידע" בלבד, שתפקידו לספק נתונים - לא להכריע בשאלות של סמכות הנשיא או שיקולים ביטחוניים ומדיניים.
"ברוך השם, בהליך החנינה הייעוץ המשפטי עוד לא הספיק לזהם את ההליך", כותב השר. "תפקידו עדיין, בכל הכבוד, לייעץ בלבד". את חוות הדעת מסיים השר באזכור התלמודי של זכריה בן אבקולס, שדקדק בפרוצדורה ערב חורבן בית שני. "חכמינו לימדו אותנו שענוותנותו של זכריה בן אבקולס החריבה את ביתנו, שרפה את היכלנו והגליתנו מארצנו", אמר השר. "הוא דקדק בשורת הדין כשחרב החורבן הייתה על הצוואר. אני לא מתכוון לתת לדקדקנות הפרוצדורלית של הממסד להחריב את הבית השלישי". השר אליהו חותם לסיום: "הכדור עכשיו בידיו של הנשיא הרצוג - ובידיו בלבד".
עמדת הדרג המקצועי במשרד המשפטים, כפי שכבר עלתה בחוות הדעת של מחלקת החנינות, היא שלילית. לפי עמדה זו, מדובר בבקשה "תקדימית וחריגה ביותר", בין היתר משום שמשפטו של נתניהו עדיין מתנהל, וכן משום שלא הודה בעבירות ולא הביע חרטה. על הרקע הזה בולטת במיוחד חוות דעתו של אליהו, הממליצה לנשיא להפעיל את סמכות החנינה כבר כעת.
גם הרקע הפוליטי מוסיף לרגישות ההליך: אליהו מטפל בבקשה כשר מחליף, לאחר ששר המשפטים יריב לוין לא עסק בה בשל שיקולי מניעות וניגוד עניינים. כעת, לאחר השלמת הטיפול במסלול המקצועי והפוליטי, ההכרעה מתקרבת לפתחו של הנשיא - והיא צפויה לשאת משמעות משפטית, ציבורית ופוליטית רחבה בהרבה מעניינו האישי של נתניהו.