בג"ץ הוציא הערב (ראשון) שני צווים על תנאי נגד מדיניות ההתגוננות של פיקוד העורף. הראשון עוסק בהפגנות בזמן המלחמה, והשני עוסק בתפילות במקומות הקדושים. בתוך כך, בג"ץ קבע כי בהתאם לעמדת פיקוד העורף - מספר המתפללים בכותל המערבי יעלה ל-100 מתפללים בכל פעם.
בכך, בג"ץ דחה את עמדת המשטרה שביקשה להעלות את מספר המתפללים ל-150, חריגה של 50 מתפללים בלבד מול עמדת פיקוד העורף. לצורך השוואה, פיקוד העורף תמך בקיום הפגנה של 150 איש אך שופטי בג"ץ אישרו הפגנה של 600 איש.
השופטים כתבו כי "נוכח אופיין העקרוני של הטענות המועלות בעתירה ובדיון שהתקיים לפנינו, אנו סבורים כי הדיון העקרוני באיזון שבין ביטחון המתפללים ובין זכויות היסוד לחופש הדת והפולחן עדיין לא מוצה, בפרט בכל הנוגע לגיבוש מדיניות סדורה, שוויונית ומבוססת על ידי הגורמים המוסמכים במבט צופה פני עתיד".
"משכך, ניתן בזאת צו על-תנאי המורה למשיבים לבוא וליתן טעם מדוע לא תיקבע על-ידם מדיניות התגוננות הנוגעת למקומות הקדושים, המאזנת בין צרכי הביטחון ובין מימוש הזכות לחופש הדת והפולחן", כתבו השופטים וקבעו דיון ליום חמישי הקרוב בנושא התפילות ברחבת הכותל המערבי.
בנוגע להפגנות, כתבו השופטים כי "ניתן בזה צו על-תנאי המורה למשיבים לבוא וליתן טעם מדוע לא תיקבע מדיניות התגוננות הנוגעת לקיום הפגנות, אשר מאזנת כראוי בין צרכי הביטחון ובין מימוש הזכויות לחופש הביטוי ולחופש ההפגנה".
מוקדם יותר, יממה לאחר תחילתה של הסערה הציבורית שנבעה מהחלטת שופטי בג"ץ בעיצומה של השבת לאשר הפגנת שמאל נגד המלחמה בניגוד להנחיות פיקוד העורף, ראש הממשלה בנימין נתניהו נכנס לאירוע באופן אישי - ורומז כי הוא תומך באי ציות להחלטתם של השופטים המנוגדת למדיניות פיקוד העורף.
נתניהו מסר: "לא יאומן. בזמן שיהודים מוגבלים בחג בתפילה בכותל, בג״ץ אישר הפגנת שמאל בתל אביב. חופש מחאה הוא חשוב, אבל חופש תפילה חשוב לא פחות. בזמן מלחמה מי שקובע את סידורי הביטחון זה רק פיקוד העורף".
לפני כן, שר המשפטים יריב לוין פנה למ"מ ראש המל"ל גיל רייך בבקשה להעלות בישיבת הקבינט הצעת החלטה בעניין קיום הנחיות פיקוד העורף, תחת הכותרת "החלטת קבינט מצילת חיים" כתגובה להחלטת השופטים.
לוין כתב כי לעמדתו "יש להעלות בפני הקבינט הצעת החלטה, לפיה יונחו המשטרה וכלל הגורמים הרלוונטיים, לקיים את הנחיות פיקוד העורף כפי שניתנו, לרבות לעניין התקהלויות והפגנות". שעות ספורות לאחר מכן, נתניהו הבהיר במרומז מהי עמדתו ביחס להצעת לוין - באמירה כי פיקוד העורף הוא המוסמך היחיד לקבוע את סדרי הביטחון, ולא בג"ץ.