ברנע השיב: "היועמ"שית לא פנתה אליי. אני פניתי אליה". נתניהו, כך לפי הגורמים, הטיח בברנע כי מדובר ב"חתירה תחת סמכות". ראש הממשלה אמר כי ראש המוסד כפוף אליו, וכי מינוי ראש המוסד הבא הוא החלטה שלו כראש הממשלה. לדבריו, יש הבדל בין הופעה בפני הוועדה המוסמכת לדון בטוהר המידות של גופמן, לבין ניסיון להעביר מסר לשופטי בג"ץ לאחר שהוועדה כבר סיימה את עבודתה וקיבלה את החלטתה.
"ניסית לשכנע את השופטים בלי שהתבקשת לכך ובלי שיש לך סמכות לעשות זאת", אמר נתניהו לברנע, לפי הגורמים. "הסתרת ממני את המהלך, אף שאני זה שקיבלתי את ההחלטה על מינוי גופמן".
ברנע דחה את הטענה שמדובר במהלך עצמאי נגד ראש הממשלה. לדבריו, הוא ראה במכתב המשך ישיר לעמדה שהציג בפני הוועדה. "מבחינתי זו הייתה השלמת טיעון של הדברים שאמרתי לוועדה", אמר ברנע. "רציתי שעמדתי תובא בפני השופטים, ונאמר לי שהדרך לעשות זאת היא דרך היועצת המשפטית לממשלה".
העימות בין נתניהו לברנע מתרחש על רקע המתיחות החריפה סביב מינוי גופמן, וסביב שאלת ייצוג הממשלה בעתירות לבג"ץ. בלשכת ראש הממשלה רואים במהלך של ברנע חריגה מסמכות ופנייה רגישה במיוחד לגורם משפטי שנתניהו ממילא מנהל מולו עימות מתמשך.
מנגד, מבחינת ברנע, כך לפי הגורמים המעורים, הוא ביקש להביא את עמדתו המקצועית בפני בית המשפט בדרך הנהוגה והמסודרת. נדגיש כי בסביבת ברנע מבהירים כי לא מדובר בעימות כפי שמגדירים זאת גורמים אחרים, אלא שראש המוסד הבהיר כי מחובתו המקצועית ובהתאם לחוק ולכללים הוא העביר את חוות דעתו, כפי שמתבקש ומצופה ממנו.
ראש הממשלה בנימין נתניהו פרסם בתגובה: "מי שממנה את ראש המוסד זה רק ראש הממשלה. המוסד והשב"כ כפופים ישירות לראש הממשלה על פי חוק. ראש הממשלה הוא זה שממנה את העומדים בראשם. לא היועצת המשפטית, לא בג"צ - ולא התקשורת. האלוף רומן גופמן הוא לוחם גיבור. הוא עז נפש, הוא מהמפקדים המבצעיים המוערכים ביותר בצה"ל. במהלך מלחמת התקומה, ב׳עם כלביא׳ ו׳שאגת הארי׳ רומן הוכיח מנהיגות יוצאת דופן. הוא הפגין חשיבה מחוץ לקופסה".
עוד הוסיף: "ב-7 באוקטובר, רומן זינק מביתו באשדוד לכיוון עוטף עזה. בצומת שער הנגב, הוא נתקל במחבלי החמאס. הוא חתר למגע, הוא חיסל מחבלים והוא נפצע קשה. אבל הוא התאושש. יש לו אומץ לב, יש לו יוזמה, יש לו נחישות - ויש לו תחבולה. אבל מעל הכל - יש לו חשיבה עצמאית ואחריות עילאית לביטחון ישראל. אנשים כאלה צריכים לעמוד בראש המוסד - ולכן בחרתי בו. אז למה הם מנסים לפסול אותו? כי הוא לא מהקליקה? בגלל שרומן עלה מברית המועצות? בגלל שיקולים פוליטיים? בגלל שהוא המזכיר הצבאי שלי? רומן נבחר על ידי - ראש הממשלה - להיות ראש המוסד הבא של מדינת ישראל - והוא יוביל את המוסד מחיל אל חיל".
התרעות פיקוד העורף