ראש המוסד דדי ברנע אמר לראש הממשלה בנימין נתניהו במהלך שיחת הנזיפה: "לא היועצת פנתה אלי אלא אני פניתי, אני יזמתי את המכתב. זאת חובתי כראש המוסד להביא את עמדתי המקצועית. אני מחויב לעשות זאת לטובת מדינת ישראל".
במוסד לא הופתעו משיחת הנזיפה של ראש הממשלה לראש המוסד דדי ברנע. "זה היה צפוי. ברנע ידע שזה יבוא. אבל כראש מוסד הוא מחויב למדינת ישראל, לבטחון ישראל. זאת חובתו וכך הוא פעל. ראש מוסד חייב להעביר את עמדתו לשופטים. והוא עשה זאת בדרך הקבועה בחוק דרך היועצת המשפטית לממשלה. הדברים שהועברו לשופטים נאמרו בפני ראש הממשלה ובפני הוועדה" אמר גורם בטחוני.
ברנע הציג לפני ראש הממשלה ובפני השופט גרוניס את חוות דעתו הרחבה על מבנה האישיות של האלוף גופמן אבל גם את העדר הכישורים המודעיניים של גופמן לתפקיד. בנימוקים להחלטת ועדת גרוניס נכתב שברנע הציג בפני הוועדה עמדה ברורה לפיה מבחינתו כל הערה פיקודית פוסלת קידום, בוודאי לראשות המוסד. "הפעלה היא מקצוע. זה ידוע בצבא. כשבאים לעשות הפעלה יש לבחון קודם כל מה המשמעות של ההפעלה, ושנית – מי המופעל", צוטט ברנע, "כשמפקד מחליט לעבור על הנהלים של הצבא, על החוק הצבאי, ולהחליט לעשות דין לעצמו ולעשות משהו שהוא אינו אמור לעשות, יש לכך משמעויות רבות מאוד. אני יודע רק דבר אחד: הערה פיקודית יש לה משמעות עצומה בצבא". גם במוסד.
"הרמה הגרועה ביותר של קבלת החלטות וטוהר מידות"
עוד נכתב: "מראש המוסד מצופה שידע, יברר, ידרוש ויחקור בנושאים רבים, בוודאי בנושא רגיש שהוא איננו בקיא בו - הפעלת סוכנים או משוטים. עבירה על נוהל במודע, תוך זלזול מוחלט בהחלטות צה"ל, עד כדי השארת ההפעלה המסוכנת בניגוד לנהלים ולהחלטת דרג פיקוד זוטר בלבד, זו הרמה הגרועה ביותר של קבלת החלטות וטוהר מידות".
התרעות פיקוד העורף