הקמת מח"ש במתכונתה החדשה היא חלק מרפורמה משמעותית שנועדה להבטיח את עצמאות הגוף החוקר. על פי המבנה החדש, היחידה תהיה מוסמכת לנהל חקירות ולהגיש כתבי אישום נגד אנשי משטרה ושב"כ באופן עצמאי, ללא כפיפות ישירה לפרקליטות המדינה או ליועצת המשפטית לממשלה – מצב שנועד למנוע ניגודי עניינים מובנים שהיו קיימים בעבר.
הצורך בשינוי עלה בעקבות דוחות חוזרים ונשנים של מבקר המדינה והסנגוריה הציבורית, שהצביעו על ליקויים בטיפול בעבירות שוטרים תחת המודל הישן. המנהל שייבחר על ידי הוועדה בה חבר עו"ד עמירם, יידרש להיות בעל כשירות לכהונת שופט ובעל רקע מקצועי עשיר בחקירות, וכהונתו תימשך שש שנים.
בנוסף למנהל המחלקה, ימונה מתאם מיוחד בדרגת שופט בדימוס שיכריע במחלוקות מקצועיות בין מח"ש לרשויות אכיפה אחרות, ובכך יושלם המבנה הארגוני של הגוף החדש, שמטרתו להגביר את אמון הציבור במערכת אכיפת החוק.
התרעות פיקוד העורף