בפנייתם טענו ראשי הקהילות כי סוגיות היסטוריות מורכבות צריכות להיבחן בידי חוקרים והיסטוריונים, ולא להפוך להכרעות פוליטיות. לדבריהם, מהלך כזה עלול לפגוע באמון בין ירושלים לבאקו, בתקופה רגישה שבה נמשכים המאמצים לקדם שלום בין אזרבייג'ן לארמניה.
הרב זמיר איסאייב חיזק את המסר בריאיון ל-JNews ואמר כי "סוגיות היסטוריות אינן צריכות להפוך להחלטות פוליטיות". לדבריו, הכרעות כאלה עלולות להפוך מחלוקות היסטוריות לכלי בזירה המדינית, במקום להותיר אותן למחקר מקצועי ולדיון היסטורי.
הביקורת מצד פרופ' ענבר ומצד הקהילות היהודיות באזרבייג'ן מצטרפת לגינוי הרשמי שפרסמה באקו לאחר החלטת הממשלה. באזרבייג'ן טענו כי מדובר במהלך הפוגע ביחסים עם ישראל, וקראו לירושלים לשקול מחדש את ההחלטה.
התרעות פיקוד העורף