בשיעורו השבועי סיפק יוסף אמירה מפתיעה: "אנחנו נמצאים בעוונות הרבים במדינה חילונית, לא מדינה חרדית. אנחנו מתפללים שכולם יחזרו בתשובה. יש כאלה שאני לא מאמין שיחזרו בתשובה. לא שייך, מה ביבי נתניהו יחזור בתשובה? אין שום סיכוי. איזנקוט אולי כן יחזור בתשובה".
כשנשאל אם יצהיר שלא ישב עם ש"ס ויהדות התורה בממשלה, השיב איזנקוט כי הוא מבחין בין המפלגות. לדבריו, "חלק גדול ממצביעי ש"ס משרתים בצבא, וראיתי אותם כרמטכ"ל. מאחר וכך, אני עושה הבחנה. אני רואה בש"ס גם מפלגה שמשרתת, משולבת, ואמורה להביא את הבשורה לחיים במדינת ישראל".
התרעות פיקוד העורף