הסערה החלה לאחר שהתוצאות המקוריות משתי הקלפיות בבאר יעקב עוררו סימני שאלה חריגים. בספירה החוזרת התמונה התהפכה באופן דרמטי ביחס לתוצאות שפורסמו בתחילה. גם תוצאות של מועמדים אחרים העלו קושי: לפי טענות שהועלו בליכוד, בחלק מהנתונים שנרשמו בקלפיות נמצאו אי-התאמות חריגות ביחס למספר המצביעים.
הקושי נעשה חריף עוד יותר משום שהתוצאות המקוריות לא היו פתק נייר נטול תוקף: לפי גורמים בליכוד המעורים בפרטים, על פרוטוקול הקלפי חתמו כעשרה אנשים, ובהם שתי עורכות דין. כלומר, מצד אחד מדובר בתוצאה שאושרה בחתימות; מצד שני, לפחות חלק מהמספרים שנרשמו בה נראים על פניהם בלתי אפשריים מבחינה חשבונית.
הפערים החריגים הובילו מלכתחילה לבקשה לפתוח את הקלפיות לספירה חוזרת. אלא שכאן נולד מוקד המחלוקת השני. לפי החומר שנדון במוסדות הליכוד, מנהל החברה שניהלה את מערך הבחירות פתח את הפלומבה של אחת הקלפיות הסגורות כדי לבדוק אם הפתקים שבתוכה תואמים לתוצאה שנרשמה. לאחר מכן נסגרה הקלפי מחדש, והועברה בקשה לספירה חוזרת.
מבחינת גמליאל ואנשיה, עצם הפתיחה הזאת פוגעת ביכולת להסתמך על כל מה שנמצא בקלפי לאחר מכן. הטענה אינה בהכרח שמישהו החליף פתקים, אלא שמרגע שהקלפי נפתחה מחוץ להליך מסודר ובטרם הספירה החוזרת, נפגעה שרשרת האמינות שלה. זו גם אחת הסיבות לכך שמבחינת מחנה גמליאל הספירה המאוחרת אינה יכולה להיחשב אוטומטית ל"תיקון" של הספירה הראשונה.
בעתירה שהגישה גמליאל לבית הדין של הליכוד היא ביקשה לבטל את ההחלטה לפתוח את הקלפיות, או לחלופין לקיים בדיקה שוויונית גם בקלפיות אחרות שבהן עלו אי-סדרים. לטענתה, הקלפיות שהו ימים לאחר הבחירות בידי הגורמים האחראים על ניהולן, בזמן שהתוצאות כבר היו ידועות, ולכן יש קושי להסתמך על הספירה המאוחרת בלבד.
לפי גורמים בליכוד המעורים בדיונים, אחד הקשיים המרכזיים הוא שהפער בין שתי הספירות כה גדול עד שקשה להתייחס לאחת מהן כפתרון פשוט לבעיה של האחרת. הספירה המקורית מגובה בפרוטוקול חתום, אך כוללת מספרים שלכאורה אינם מתיישבים עם מספר המצביעים; הספירה החוזרת נעשתה לאחר שהקלפי כבר נפתחה. לדבריהם, "אי אפשר להעביר בחירות עם הקלפי הזאת".
מאחורי המאבק המשפטי מתנהל גם קרב כוח פנימי. עטיה זוכה לתמיכתו של חיים כץ, וגמליאל ואנשיה טוענים כי כץ פועל כדי להכניסה למקום ה-25. מנגד, בסביבת כץ מצביעים על המספרים הבלתי סבירים לכאורה בספירה הראשונה וטוענים כי דווקא היא זו שאינה יכולה לעמוד.
ההכרעה אינה נוגעת רק לגמליאל ולעטיה. תיקונים בקלפיות עשויים להזיז גם מועמדים נוספים ברשימה. לפי חישובים שעלו בבדיקות הפנימיות, דוד ביטן עשוי לעלות בשני מקומות, בעוד שגם מיקומם של ביסמוט ומועמדים נוספים עשוי להשתנות בהתאם לתוצאות הבדיקות.
החלטת ועדת הבחירות לקיים ספירה נוספת מחזירה כעת את המאבק אל הפתקים עצמם. אחרי הפערים של מאות קולות בין הספירות, הטענות על אופן פתיחת הקלפי והתלונה שהגישה גמליאל במשטרה, התוצאה שתתקבל בבאר יעקב עשויה לקבוע לא רק מי תזכה במקום ה-25 - אלא גם אם המחלוקת תסתיים בוועדת הבחירות או תעבור לסיבוב נוסף בבית הדין של הליכוד.