בלוח הזמנים מופיעות שתי שיחות של נתניהו עם מזכירו הצבאי, שיחה עם שר הביטחון, הנסיעה לקריה ועדכונים שקיבל מהמזכירות הצבאית. שיחה ישירה עם הרמטכ"ל אינה מופיעה בו לפני הערכת המצב הראשונה שקיים נתניהו עם צמרת מערכת הביטחון. לפי גרסת הלשכה, הדיון הזה החל בשעה 09:55 - שלוש שעות ו-26 דקות לאחר העדכון הראשון שקיבל נתניהו על המתקפה.
אין בכך כדי לקבוע שנתניהו עצמו ידע על הדברים לפני 06:29. אין הוכחה כי ראש הממשלה קיבל קודם לכן עדכון אישי על המתרחש, ולשכתו חוזרת ועומדת על כך. אבל לצורך שחזור השעות שקדמו למתקפה מדובר בפרט מהותי: עוד לפני תחילתה כבר התקיים קשר בין שב"כ לבין המזכיר הצבאי של ראש הממשלה בנוגע לסימנים החריגים. הלו"ז שפורסם הערב אינו כולל את השלב הזה ומתחיל, למעשה, ברגע שבו נתניהו עצמו מקבל את העדכון.
בין 08:30 ל-09:30, לפי ההודעה, ביקש נתניהו וקיבל עדכוני מודיעין ועדכונים שוטפים מהשטח מצוות המזכירות הצבאית. בשעה 08:40 כינס גלנט את הרמטכ"ל ואת ראש השב"כ כדי לגבש תמונת מצב לקראת הדיון עם ראש הממשלה.
רק בשעה 09:55, לפי לוח הזמנים שפרסמה לשכת נתניהו, התקיימה הערכת המצב בהשתתפות ראש הממשלה, שר הביטחון, הרמטכ"ל, ראש המוסד, ראש השב"כ, ראש המל"ל וראש אגף המבצעים. הלשכה מפרטת את ההחלטות שקיבל נתניהו באותה ישיבה: סגירה הרמטית של קו הגבול כדי למנוע המשך חדירת מחבלים והעברת חטופים לעזה, גיוס מילואים מלא במקום גיוס חלקי, הורדת פקודת מלחמה והיערכות לחזית הצפונית. לאחר הישיבה, נמסר, קיים נתניהו התייעצות ביטחונית מצומצמת עם גלנט והלוי.
הלו"ז החדש מאשר עובדה שכבר הופיעה במסמך שמסר נתניהו למבקר המדינה: הערכת המצב הראשונה שלו עם ראשי מערכת הביטחון התקיימה בשעה 09:55. בתיעוד הפומבי הקיים לא מופיעה שיחה ישירה בין נתניהו לרמטכ"ל בפרק הזמן שבין העדכון הראשון שקיבל ב-06:29 לבין הדיון הזה. גם בלוח הזמנים המפורט שפרסמה הערב לשכת ראש הממשלה אין שיחה כזאת.
הפרט הזה רלוונטי במיוחד בעקבות הדברים שאמר נתניהו רק לפני ימים אחדים, כאשר האשים את הדרג הביטחוני בכך שנמנע מלהעיר אותו במהלך הלילה מחשש ל"מיסקלקולציה" מול חמאס. נתניהו טען כי אילו עודכן בזמן, היה מקבל החלטות אחרות. הטענה הזאת נוגעת לשעות שקדמו למתקפה; ציר הזמן שפרסמה לשכתו מאפשר לבחון בנפרד גם את התנהלותו לאחר שכבר עודכן ב-06:29.
סוגיית העדכונים שהגיעו למזכירות הצבאית לפני 06:29 כבר עלתה בעבר. לשכת ראש הממשלה עצמה הודתה כי בלילה הגיע לקצין המודיעין במזכירות הצבאית מידע על "מספר סימנים מעידים", וכי המידע הועבר למזכיר הצבאי. לטענת הלשכה, מאחר שהמסר שהתקבל לא הוגדר דחוף, הוחלט שלא להעיר את נתניהו. גם אז עמדה הלשכה על כך שנתניהו עצמו עודכן לראשונה רק ב-06:29.
בבדיקת ציר הזמן יש חשיבות להפרדה בין המידע שהגיע לנתניהו עצמו לבין המידע שהיה בידי אנשי לשכתו והמערכת שסביבו. אין הוכחה שנתניהו קיבל עדכון אישי לפני 06:29. מזכירו הצבאי, לעומת זאת, כבר היה בקשר עם שב"כ לפני השעה הזאת.
גם השעה 09:47, המופיעה בהודעת הלשכה, מחייבת הבחנה. הלשכה קובעת כי רק אז קיבל המזכיר הצבאי "לראשונה את מסמך הערכת המצב" שקיים ראש השב"כ בשעה 05:15. המסמך עצמו יכול היה להגיע לידיו ב-09:47, אך אין בכך סתירה לכך שכבר ב-06:13 נוצר עמו קשר מצד לשכת ראש השב"כ ובהמשך התקיימה עמו שיחה מאובטחת. מדובר בשני אירועים שונים - קבלת מידע בשיחה וקבלת המסמך הפורמלי.
בפרסום הלו"ז מבקשת לשכת ראש הממשלה להציג את רצף פעולותיו של נתניהו מהרגע שבו הוזעק: שתי שיחות עם המזכיר הצבאי, יציאה לקריה, שיחה עם שר הביטחון, קבלת עדכונים ובהמשך ההחלטות שקיבל בהערכת המצב. כך משיבה הלשכה לטענות על התנהלותו באותן שעות.
שלוש שנים אחרי 7 באוקטובר, הלו"ז מחזק את גרסת נתניהו בנקודה אחת: אין בתיעוד שהוצג הוכחה לכך שהוא עצמו עודכן לפני 06:29. מנגד, לוח הזמנים של לשכתו קובע כי הערכת המצב הראשונה שלו עם צמרת מערכת הביטחון החלה רק ב-09:55, שלוש שעות ו-26 דקות לאחר העדכון הראשון, ואינו מציג שיחה ישירה בינו לבין הרמטכ"ל קודם לכן. הוא גם אינו כולל את הקשר שנוצר כבר ב-06:13 בין שב"כ למזכירו הצבאי. אלה הפערים שעומדים כעת במוקד הוויכוח המחודש על תפקודו של ראש הממשלה בשעות הראשונות של בוקר הטבח.