בסביבת נתניהו הגיבו לדברים וטענו כי לפיד דווקא קיבל אמש התרעה על החמרה חריגה באיום הטרור בעולם. "בניגוד לדבריו של לפיד, המזכירות הצבאית עדכנה אותו אתמול שיש התגברות משמעותית של פח״ע ברחבי העולם בהיקף שלא ראינו שנים כמותו", נמסר. לפיד לא המתין זמן רב והשיב במתקפה חריפה, תוך שהוא מתייחס ישירות לטענה שהועלתה נגדו: "׳הגורם המדיני׳ המופקר (מעניין מי זה) שוב משקר. האזהרה על הפעילות בחו״ל היא ספציפית, קיימת כבר יותר משנתיים, ולא נוגעת למטוסים או לשום דבר שדומה למה שקרה הבוקר".
בהמשך ההודעה האשים לפיד את סביבת נתניהו בניסיון לנצל את אירוע המטוס כדי להצדיק בדיעבד את האזהרות שנמסרו ערב קודם. "זו השיטה של הגורם הזה ולשכתו. עוד שקר ועוד שקר ועוד שקר עד שכולם יתבלבלו. אז אל תתבלבלו: הוא מנסה לתפוס טרמפ עלוב על ישראלים גיבורים שמנעו אסון שהוא (שוב) לא נערך לו". לפיד חתם את תגובתו במתקפה גם על ההתבטאויות שנשמעו מאז האירוע מצד תומכי הממשלה: "כל הסיבוב שהשופרות עושים עכשיו, רק מוכיח מה שהיה ברור כבר אתמול - שהם שוב מנסים לעשות פוליטיקה זולה על חשבון ביטחון ישראל. חבורה מופקרת".
העימות היום הוא המשכו הישיר של הוויכוח שהתפתח כבר אמש, מיד לאחר פגישת העדכון הביטחוני בין נתניהו ללפיד. הפגישה נערכה לבקשת לפיד, ברקע האזהרה הביטחונית שפרסם רה"מ , לפיה , יתכן שישראל תותקף לקראת הבחירות. בצאתו ממנה אמר לפיד כי לא יחשוף את המידע הביטחוני שנמסר לו, אך תקף את האופן שבו נתניהו מציג בפומבי את האיומים וטען כי אין הצדקה "להכניס את הציבור לפאניקה".
לשכת ראש הממשלה מסרה לאחר הפגישה כי במהלך הסקירה הוצגו ללפיד התרעות על אפשרות להתקפות בזירות שונות לקראת הבחירות. בליכוד תקפו בהמשך את ראש האופוזיציה והצביעו על כך שהודעתו פורסמה זמן קצר מאוד לאחר צאתו מהפגישה, בטענה כי נוסחה מראש. לפיד, מצדו, ביקש להבחין בין המידע הביטחוני החסוי שנמסר לו במסגרת תפקידו לבין השימוש הפומבי שנעשה, לטענתו, באיומים.
אירוע המטוס הבוקר שינה את מוקד העימות. גם תמונת המצב הביטחונית סביב האירוע התגבשה בהדרגה: בשעות הראשונות נבדקה האפשרות שמדובר באירוע אלימות שאינו ביטחוני, ובהמשך דווח כי נבדקים חשדות חמורים יותר, ובהם ניסיון להשתלט על המטוס ולגרום להתרסקותו. ככל שהתבררו פרטים נוספים, עלתה מחדש שאלת העדכון שקיבל לפיד שעות קודם לכן.
התרעות פיקוד העורף