לאחר מבקר המדינה בחן את הסוגיה, והדוח המסווג הומצא לנתניהו בינואר 2024, המבקר קרא למל"ל לבצע עבודת מטה עם משרד התחבורה, שב"כ, רש"ת, המשרה ומשרד האוצר. כעת נתניהו מטיל על המל"ל למנות גורם בדיקה פנימית ללא סמכויות, אחרי שכל ההיבטים נבדקו, נבחנו לעומק והדו"ח קיים מזה שנתיים.
ההחלטה של נתניהו היא מעט מדי ורחוקה מדי מהאירוע החמור. לא ברור לפי שעה מה המנדט של ועדת הבדיקה, את מי היא מוסמכת לבדוק? האם רק את האירוע הנקודתי? האירוע של טיסת פלי דובאי 1037 מוגדר במערכת הביטחון מגה פיגוע שהצליח. העובדה כי הנוסעים הצילו את המטוס היא לא רלוונטית מבחינת התוצאה של המחדל הביטחוני. באירוע הזה יש שורה של כשלים במודיעין, בניטור צוותי האוויר, בבידוק לקראת הטיסה, בהתנהלות של מדינת ישראל עם איחוד האמירויות, ועוד.
אגב, גם המל"ל שנדרש לבדוק את האירוע מחויב לעמוד תחת בדיקה. היה נכון למנות ועדה חיצונית המורכבת משופט עליון ובה חברים אנשי מודיעין, תעופה ואבטחה לשעבר שיחקרו ויעבירו את המסקנות.
גורמים רשמיים באזור אמרו לסוכנות הידיעות AP כי הרשויות באמירויות העבירו מידע על הנוסעים ואנשי הצוות, כולל הלאומים שלהם. ישראל לא זיהתה דגלים אדומים בנוגע לאף נוסע או איש צוות, אמרו הגורמים, ששוחחו בעילום שם מכיוון שלא היו מוסמכים לשוחח עם עיתונאים על החקירה.
רשות המסים אישרה כי פרטי צוות הטיסה הועברו מראש למלא"ן - המרכז הלאומי לאבחון נתוני נוסעים. משרד התחבורה מבהיר כי אגף הביטחון שלו אחראי להסדרי הביטחון בתעופה הזרה הנכנסת לישראל. לטענת המשרד, רשימת אנשי הצוות של FZ1073 לא התקבלה אצלו ולאגף הביטחון אין גישה ישירה לרשימות הטיסות. גורמים במערכת הביטחון אומרים אחרת: המידע היה במלא"ן ואגף הביטחון במשרד התחבורה לא שלף ובדק אותו.
התרעות פיקוד העורף